Pocas horas antes de morir, Isabel la Católica dijo de su marido que era "el mejor rey de España". Ella también merece ese título.
Su más destacado biógrafo, Luis Suárez, describe así su carácter:
Destacaba especialmente la intuición que le permitía desenvolverse con acierto en medio de problemas muy complejos que a lo largo de su vida surgieron. Sin embargo, fue la piedad religiosa la nota más destacada de su carácter.
Esta religiosidad es el motor de la expulsión de los judíos no conversos, del viaje de Cristóbal Colón y de las campañas en el norte de África.
Hija de Juan II y de la infanta portuguesa Isabel, no parecía llamada a heredar la Corona de Castilla porque tenía dos hermanos varones, Enrique y Alfonso. El mayor fue proclamado rey en 1454, pero su flojedad en el gobierno del reino y su decadencia moral (alardeó de que era impotente para conseguir la nulidad de su primer matrimonio) animaron las banderías de la aristocracia. La Farsa de Ávila (1465), en que unos nobles depusieron a Enrique en efigie y proclamaron al infante Alfonso, constituye uno de los momentos de mayor miserabilidad de la historia de España. Este conflicto civil se prolongó hasta que en 1468 Alfonso murió.
Enrique y su valido, el marqués de Villena, quisieron conseguir la paz de la siguiente manera: se excluiría a la hija del rey, Juana, y se reconocería sucesora a Isabel, que se casaría con Alfonso V de Portugal. La infanta dijo:
...me caso con Fernando y no con otro alguno.
Fernando era otro infante de la Casa de Trastámara, proclamado ya rey de Sicilia y heredero de Aragón. Contaba con el apoyo de su padre, el rey Juan II, para desposar a Isabel.
Fernando entró disfrazado en Castilla y en octubre de 1469 los dos jóvenes se casaron en Valladolid. Entonces Enrique y su esposa declararon legítima a Juana la Beltraneja, aunque respetaban la sucesión de Isabel. Pero Isabel recibió el apoyo del papa —gracias a su legado, el cardenal Borja— y de los Mendoza.
En diciembre de 1474 falleció Enrique e Isabel fue proclamada en paz. Incluso se reguló el estatus de Fernando. En la Concordia de Segovia (1475), redactada por el cardenal Mendoza y el arzobispo Carrillo, Isabel quedó como reina propietaria. Aceptó que su marido se titulase rey de Castilla y que todos los actos se atribuyesen a los dos. Se dice que el cronista Pulgar, al nacer la infanta Juana, escribió:
...los Reyes parieron una hija.
Sin embargo, esa primavera la nobleza que había medrado con Enrique se sublevó por Juana, que tenía 13 años, y cuyo matrimonio se concertó con su tío, Alfonso V de Portugal. La guerra civil se convirtió en internacional. Los portugueses derrotaron a los castellanos en Guinea, pero en la Península Ibérica Fernando obtuvo sobre Alfonso una victoria decisiva en Toro (1476). En 1479, Castilla y Portugal firmaron el Tratado de Alcáçovas.
A partir de ese momento, los acontecimientos se suceden. En vez de perseguir a quienes se habían alzado contra ellos, los Reyes Católicos los perdonaron y también pactaron que su primogénita, Isabel, casase con el nieto de Alfonso V. En las Cortes de Toledo (1480) anunciaron el establecimiento de un orden institucional en la Monarquía. Por ejemplo, en el Consejo Real el poder pasó de los nobles a los letrados.
Después de la toma de Zahara (1481) por los musulmanes, los reyes comenzaron una campaña militar contra el emirato granadino para conquistarlo completamente. En ella destacó Gonzalo Fernández de Córdoba, que luego tomó para Fernando el reino de Nápoles.
En 1492, el fraile Cisneros entró en la corte como confesor de Isabel. La soberana quedó tan admirada por la fe y las ideas del franciscano que consiguió del papa que le nombrara arzobispo de Toledo. Cisneros se dedicó a la reforma de la Iglesia y a la fundación de la Universidad de Alcalá de Henares. Así se eliminaron de España las semillas de las guerras de religión que ensangrentaron Europa debido a la reforma protestante y se forjó una clase dirigente culta y espiritualmente responsable.
En 1494, Portugal y España se repartieron el mundo como una naranja en el Tratado de Tordesillas.
En 1495, Colón desembarcó en Sevilla con unos 500 indios prisioneros de guerra hechos esclavos. Cuando Isabel se enteró, ordenó su liberación y devolución a sus familias.
La reina tuvo cinco hijos, cuatro mujeres y un varón. Ella y Fernando los emplearon para alianzas extranjeras que engrandecieran el poder de España. Así, los casaron con infantes de la Casa de Avís para culminar la unidad con Portugal. Y también con los Habsburgo alemanes y los Tudor ingleses para cercar a Francia. El destino condujo a que esta política sustituyese la dinastía Trastámara por la de Austria.
Varios de sus hijos empezaron a desaparecer antes que ella. El frágil príncipe Juan falleció en 1497, a los seis meses de su boda con la archiduquesa Margarita de Austria. La hija póstuma de éste nació muerta. En 1498 murió su primogénita Isabel, casada sucesivamente con dos infantes portugueses. Dejó un niño, Miguel de la Paz, que habría unido las coronas de Portugal, Castilla y Aragón, pero expiró en 1500.
Isabel murió en 1504 en Medina del Campo, sola, sin el consuelo de su marido y sin sus otras tres hijas, Juana, María y Catalina, que estaban en cortes extranjeras.
A los dolores del cuerpo y del alma se unió la preocupación por la incapacidad de Juana debida a su enfermedad mental. Trató de asegurar el derecho al trono de su hija y en su testamento Isabel nombró a Fernando gobernador de Castilla y las Indias.
Deseó ser sepultada en Granada, pero estaba dispuesta a seguir a su marido después de muerta.
...quiero e mando, que si el Rei eligiere sepultura en otra cualquier iglesia o monasterio de cualquier otra parte o lugar destos mis reinos, que mi cuerpo sea allí trasladado e sepultado junto.
Desde 1517, ambos se encuentran en la catedral de Granada, junto a los cuerpos de Juana, de Felipe y del pequeño Miguel.