Tal día como hoy, 6 de noviembre, pero de 2004, Libertad Digital titulaba en su portada: "María San Gil, elegida nueva presidenta del PP vasco con el apoyo mayoritario del partido". El 88% de los compromisarios del XI Congreso Regional del PP en el País Vasco votó por San Gil, única candidata que recibió 347 votos de los 396 emitidos.
La sustituta de Carlos Iturgaiz llegaba a la presidencia del partido meses antes de las elecciones al parlamento vasco. En ellas, a pesar de dejar de ser la segunda fuerza política más votada, obtendría mejores resultados de los que las encuestas vaticinaban. La presidenta del PP vasco calificó de "indignidad" la presencia de "ETA-Batasuna en el Parlamento" de lo que responsabilizó a la "desidia, dejadez y falta de responsabilidad política" de Zapatero.
La "hija adoptada de Jaime Mayor Oreja", como se definía, siempre estuvo al frente de la lucha contra la banda terrorista. Desde que el 23 de enero de 1995 Txapote asesinara en su presencia al concejal del PP, Gregorio Ordóñez, su carrera dio un cambio radical pasando a la primera fila de la actividad política. Hasta el 30 de noviembre de 2006 no tuvo la oportunidad de encontrarse cara a cara con el asesino de Ordóñez. Al terminar su declaración en el juicio, San Gil mantuvo su mirada ante el etarra Txapote "para ver cómo es la cara de un asesino y porque quería que entendiera que no nos vamos a doblegar, que no le tenemos miedo y que creemos que el sentido común, la democracia, el Estado de Derecho y, sobre todo, que la libertad, tienen que estar por encima del terrorismo, el miedo y la extorsión".
María San Gil abandonó en abril de 2007 de forma temporal la política para recuperarse de un cáncer de mama. En agosto de ese mismo año ya estaba recuperada y volvió a la política denunciando el respaldo de Zapatero a la "ofensiva nacionalista" que, según ella, "tiene clarísimo el proyecto de la independencia de Euskal Herria y de desvirtuar lo que es España de Euskadi".
El adiós definitivo de María San Gil a la política llegó el 30 de junio de 2008 después de que Rajoy le designara junto a José Manuel Soria y Alicia Sánchez-Camacho miembro de la comisión redactora de la ponencia política del PP. San Gil abandonó la ponencia por sus "diferencias de criterio insalvables" ante el viraje político que estaba tomando "el nuevo Partido Popular". La presidenta de los populares vascos había anunciado que había perdido la confianza en Rajoy y así se lo dijo en persona. El presidente del Partido Popular no hizo nada por retenerla y San Gil se sintió traicionada hasta por parte de su equipo. Poco después se supo que José Manuel Soria le envió un mensaje a la política vasca tras recibir su propuesta: "María, he recibido tu ponencia. ¡Arriba España!". Rajoy sólo dijo que "a mí me gustaría tener en toda España a muchos José Manuel Soria".
Tras el abandono de San Gil, otros miembros ilustres del partido quisieron seguir su camino. Fue el caso de Regina Otaola que quiso dimitir pero María San Gil la convenció de que no lo hiciera. El que sí que dejó la militancia del PP por el trato que recibió San Gil fue el ex funcionario de prisiones que estuvo secuestrado por ETA durante 532 días, José Antonio Ortega Lara. Abandonaba el PP otro referente de los principios del partido y un ejemplo de resistencia al nacionalismo.
Hasta enero de 2009, ya alejada de la política, no se supo nada de María San Gil. La expresidenta del PP vasco reapareció de la mano de José María Aznar como colaboradora de la FAES, Fundación para el Análisis y los Estudios Sociales. En su estreno denunció que el PNV "se aprovecha mezquinamente de la existencia del terrorismo para conseguir mejores resultados electorales" y que "nunca ha querido derrotar a ETA".
Desde la salida de San Gil del Partido Popular del País Vasco se ha ido dejando fuera de su Ejecutiva "a los afines a María San Gil", tal y como aseguró Santiago Abascal, presidente de DENAES y que dejó de formar parte de la Ejecutiva del PP vasco en el año 2009.