Tal día como hoy, 12 de diciembre, pero de 2011, Libertad Digital contaba en su portada la última tensa entrevista de la periodista Ana Pastor, en este caso, con el que era entonces el presidente del Congreso de los Diputados y titulaba: "Bono, a Ana Pastor: 'La imagen que da de Señorita Rottenmeier es tremenda'".
Sucedió en una entrevista en Los desayunos de TVE cuando la periodista reprochó a Bono que fuese "muy duro con Amaiur" por llamarles "amigos de ETA". Tras un tenso intercambio dialéctico Bono le dijo a Pastor: "Se ve que usted no se ve, tiene que verse luego. Tiene que ver la imagen que da de Señorita Rottenmeier, es tremenda".
Las tensiones en las entrevistas de la periodista con sus invitados políticos se han sucedido mientras ha estado al frente del programa del ente público. En octubre de 2010 la entrevistada era Esperanza Aguirre y Ana Pastor le preguntó sobre varios asuntos, alguno de los cuales se negó a hablar porque "hay temas más importantes" que la polémica con el presidente Revilla y su mujer, por ejemplo. La presentadora le dijo que "aquí los asuntos importantes no los decide usted, los decidimos en esta mesa". También quiso saber la opinión de Aguirre sobre los abucheos a Zapatero durante el desfile del 12 de octubre y la presencia de banderas preconstitucionales entre el público. A pesar de que dijo que estaba en contra de todos los abucheos y que le parecía muy mal que se exhibieran ese tipo de banderas, Ana Pastor le espetó: "Ya sé que le gustaría hacérselas usted y respondérselas usted, pero tiene la mala suerte de que yo sea la periodista y usted la entrevistada". La presidenta regional consideró la entrevista como un "interrogatorio carente de sentido del humor".
En marzo del año pasado se trasladó a Teherán para entrevistar al dictador iraní, Mahmud Ahmadineyad. En la entrevista apareció con un velo que le cubría la cabeza pero, en un momento de la misma, el velo se cayó lo que dio pie a conjeturas sobre si era fortuito o una reivindicación de los derechos de las mujeres aplastados en Irán. Ana Pastor aclaró "que no ha sido intencionado sino por la intensidad de la entrevista".
Si esta entrevista dio que hablar, la que le hizo a María Dolores de Cospedal no fue menos. Sobre todo cuando la secretaria general del PP aseguró que "los servicios informativos no son objetivos ni imparciales". Ana Pastor se mostró orgullosa de trabajar en RTVE "en esta etapa de libertad". Cospedal contestó diciendo que "yo no sé si usted representa a los trabajadores de TVE. Mi opinión no es personal, es la de mi partido".
Desde el sindicato USO de la televisión pública calificaron las palabras de Ana Pastor como "provocación" al proclamarse "portavoz de la plantilla". En el documento titulado Una vez más lo ha conseguido: Ana Pastor vuelve a ser la noticia, aseguraban que era "un agente político" y que "la independencia la tienen los trabajadores fijos, no los que están contratados que deben cuidar su asiento y obedecer ciegamente las instrucciones de sus mentores". La directora del programa les contestó que si de algo "soy agente es de la información". Además, aseguró que todas sus entrevistas se han hecho desde la misma perspectiva, "la dignidad profesional y el periodismo, mi único patrimonio, le pese a quien le pese".
La polémica llegó al Congreso de los Diputados. Allí, la entonces ministra de Defensa, Carmen Chacón, se cebó con María Dolores de Cospedal diciendo que "deje de hostigar, acusar y perseguir a periodistas independientes, en particular Radio Televisión Española".
En mayo de 2011 le tocó sentarse en Los desayunos al presidente de Castilla-La Mancha y candidato a la reelección, José María Barreda. Si Pastor atacó a Cospedal, Barreda no iba a ser menos a pesar de que la hermana de la periodista era la jefa de prensa del presidente autonómico. Ana Pastor criticó a Barreda por haber comparado a Sarah Palin con la número dos del PP. También le echó en cara que criticara a Cospedal por tener dos cargos cuando un miembro destacado de su partido, el socialista Marcelino Iglesias, era a la vez presidente de Aragón y secretario general del PSOE.
En marzo de 2012 la tensión fue con Celia Villalobos con el caso Camps sobre la mesa de Los desayunos de TVE. A medida que fue avanzando la entrevista la conversación se hizo más tensa. Preguntada por si Camps se había equivocado, Villalobos zanjó el tema diciendo que "yo hay gente a la que le digo 'amiguito del alma' por no decir 'hijo de tu madre'".
El enésimo rifirrafe lo vivió Ana Pastor con Rosa Díez a causa del diario El País y la carta escrita por el presidente del PP de Guipúzcoa, Borja Semper, en la que llamaba traidores a Díez y Mayor Oreja, entre otros, por criticar la Vía Nanclares de reinserción de presos terroristas. La periodista preguntó a la diputada de UPyD por el asunto y ésta contestó diciendo que "no le digo nada a Borja Semper porque si quiero decir algo se lo digo directamente". Aprovechó para agradecer a El País que sacara una foto suya en portada ya que "no suele poner fotos mías cuando hago intervenciones en el Congreso". En ese momento, la directora del programa atajó las críticas al diario y dijo que no criticara al diario de Prisa porque ella ya hablaba en El Mundo de este asunto, por lo que Semper tenía todo el derecho a contestarle como quiera. De nuevo volvió a preguntar a Díez si se arrepentía de haber utilizado el término de "traidor". Rosa Díez se limitó a decir que "no tengo nada más que añadir".
Criticada por unos y defendida por otros, Ana Pastor fue cesada de Los desayunos de TVE en agosto de 2012. La periodista dijo en su Twitter que "he sido cesada de 'Los desayunos de TVE'. Orgullosa del trabajo de todo el equipo. Día triste pero hoy más que nunca sigo creyendo en el periodismo". Un mes después, la periodista conformó su fichaje por la CNN para realizar entrevistas a personalidades de diversos ámbitos.