La Audiencia Nacional considera la investigación de los atentados del 11-M como un caso "judicialmente cerrado". Una postura que comparte la Fiscalía General del Estado, encabezada ahora por Eduardo Torres Dulce, quien dijo pocos meses después de llegar al cargo que el 11-M es para él un caso "absolutamente cerrado porque es cosa juzgada".
Lo cierto es que tras la sentencia de la Audiencia Nacional, con ponencia del magistrado Javier Gómez Bermúdez a su vez presidente del tribunal, la investigación judicial por la masacre de Madrid quedó enterrada durante años una vez que el Tribunal Supremo sentenció en julio de 2008 en firme.
De hecho, actualmente, el Juzgado Central Número 6 de este tribunal, que antaño dirigía Juan del Olmo y actualmente encabeza el magistrado Eloy Velasco, tan solo recibe en ocasiones huellas enviadas por la policía especializada en terrorismo islamista con el objeto de que sean cotejadas con perfiles genéticos que aún no han sido identificados diez años después de la masacre.
Huellas que, sin embargo, fueron obtenidas tras los atentados en sitios claves como el piso de Leganés o la casa de Morata de Tajuña y que diez años después no se saben a quienes pertenecen. Pero nada más ya que los múltiples intentos de las asociaciones de víctimas de reabrir el sumario principal han sido siempre en vano.
Sin embargo, cuatro años después del fallo del Tribunal Supremo, los distintos sectores –víctimas, condenados y medios de comunicación- que han cuestionado la versión oficial, donde no se especifica quién fue el autor intelectual de los atentados, no han cesado en su empeño de que el 11-M no sea enterrado.
Investigación a Sánchez Manzano
En julio de 2009 se inició una investigación judicial al que fuera jefe de los Tedax durante los atentados del 11-M, Juan Jesús Sánchez Manzano, por los delitos de falso testimonio, omisión del deber de perseguir delitos y encubrimiento.
Esta instrucción se prolongó durante tres años y en la causa declararon alrededor de cuarenta de agentes que participaron en la recogida de explosivos; algunos de ellos muy críticos con la actuación de Sánchez Manzano al que llegaron a acusar de pedirles que manipularan informes sobre los explosivos empleados en la masacre.
Sin embargo, la Audiencia Provincial de Madrid archivó este procedimiento, y posteriormente el Tribunal Supremo le dio carpetazo, alegando que se estaba vulnerando el principio non bis in idem. En suma, un derecho fundamental que impide castigar dos veces un mismo delito o falta.
Lo curioso es que los magistrados no se referían al sumario principal del 11-M sino a unas diligencias previas que apenas instruyó el Juzgado Número 6 de Madrid a raíz de una denuncia que el partido Alternativa Española interpuso contra el comisario.
Descubrimiento de uno de los focos del atentado
Por su parte, en febrero de 2012 Libertad Digital halló uno de los focos de los atentados. En concreto, el único vagón que no fue desguazado a toda prisa por orden judicial y que pertenecía al tren explosionado en la estación de Santa Eugenia.
Días después de conocerse la noticia, el fiscal general del Estado Eduardo Torres Dulce ordenó abrir una investigación que se quedó únicamente en la práctica de unas diligencias informativas por parte del exfiscal jefe de Madrid, Eduardo Esteban.
El Ministerio Público concluyó tras tres meses de investigación que "no se ha apreciado ninguna actuación de ocultación o manipulación de los referidos restos que pudiera hacer pensar en una desaparición de objetos de pruebas, al contrario se han constatado la adopción de medidas para la conservación de dichos restos, ante la eventualidad de posibles análisis posteriores".
Las testigos rumanas, imputadas
Actualmente, el Juzgado de Instrucción Número 39 de Madrid instruye la querella que presentó el condenado como autor material de los atentados, Jamal Zougam, contra las dos testigos rumanas que afirmaron durante la investigación del 11-M haber visto al marroquí en el tren de Santa Eugenia el 11 de marzo de 2004. Las testigos protegido se encuentran imputadas por un delito de falso testimonio.
La defensa del marroquí sostiene que las rumanas "mintieron", que lo hicieron "conscientemente y confabuladas" y que, "como consecuencia de su mentira, Jamal Zougam fue condenado". La causa se encuentra en estos momentos sub iudice.