Junta Islámica e Instituto Halal, dos grupos que se encuentran tras la campaña de expropiación de la mezquita de Córdoba, contaron desde el momento de su fundación con el apoyo de la Junta de Andalucía a través de subvenciones directas y programas de colaboración, además de la constante presencia de destacados miembros del Gobierno autonómico en actos organizados por estas organizaciones.
Además, según informa La Razón, el portavoz de la Plataforma Mezquita-Catedral de Córdoba, Miguel Santiago Losada, está al frente de un colectivo significativamente subvencionado también por la Junta de Andalucía.
Fuentes de Junta Islámica declaran al diario de Planeta que la postura oficial de esta asociación es contraria a que desaparezcan de la Catedral de Córdoba los restos de su pasado islámico pero no está necesariamente a favor de que el monumento pase a ser de titularidad pública. También se ha abandonado la petición de que se instaure en el templo el culto compartido, algo que sí que se defendía durante la etapa del anterior presidente, Mansur Escudero.
Además de la continua presencia de altos cargos de la Junta de Andalucía en eventos organizados por la Junta Islámica y el Instituto Halal, también se han producido colaboraciones para hacer llegar a los musulmanes andaluces las ventajas de la "Certificación de Garantía Halal", la primera en inscribirse oficialmente en el Registro Español de Patente y Marcas para informar a los consumidores que determinados productos alimenticios cumplen las estipulaciones religiosas que el islam dicta a sus fieles. En concreto, en 2003, tuvo lugar una campaña de promoción, patrocinada por la Junta con 50.000 euros, durante la cual se realizaron eventos y diversas actividades de comunicación en 18 municipios repartidos por toda la geografía andaluza dirigiéndose al público general en supermercados y grandes superficies, empresas del sector alimentario, canales de distribución y comercio exterior.
Por su cuantía y por el hecho de haber tenido lugar durante los peores meses de la crisis económicas, llaman la atención asimismo dos subvenciones realizadas por el Gobierno socialista poco antes de abandonar el poder que suman 233.000 euros.