Tal día como hoy, 14 de mayo, pero de 2004, Libertad Digital contaba en su portada que el máximo accionista y expresidente del Atlético de Madrid, Jesús Gil y Gil, falleció a los 71 años de edad a causa de un "infarto cerebral masivo predominante". La muerte real fue sobre las cinco de la tarde y "aunque se hicieron una serie de maniobras de resucitación" no dieron resultado.
Nada más conocerse la fatal noticia el mundo del fútbol expresó su dolor y consternación. La Familia Real dirigió dos telegramas en los que expresó sus condolencias a la viuda y familiares del expresidente. Lázaro Albarracín, entonces vicepresidente del Atlético, manifestó que la muerte de Gil era para él como la de un hermano. El presidente del Real Madrid calificó a Jesús Gil como un "referente del fútbol español". Joan Laporta lamentó el fallecimiento de "un personaje singular y entrañable, que siempre recibió a nuestro club con cariño".
El presidente del Valencia aseguró que su pérdida le producía "una gran pena". Augusto César Lendoiro dijo que era "una persona que transmitía jovialidad, con la que no te aburrías". José María del Nido aseguró que "evidentemente fallece uno de los presidentes más carismáticos del fútbol nacional en los últimos quince años". El presidente del Espanyol, por su parte, transmitió su "profundo pesar", en su nombre y en el de todos los seguidores del club. El expresidente del Compostela, con el que Jesús Gil tuvo un enfrentamiento en marzo de 1996, dijo que "le unió una gran amistad" con el fallecido "pese a lo de aquel día". El presidente de la Federación Española de Fútbol, Ángel María Villar, aseguró que su muerte era un "gran impacto" para él y "para el mundo del fútbol, que seguro que le va a echar mucho de menos".
Un día después fue enterrado en el panteón que la familia posee en el madrileño cementerio de La Almudena. Aunque el deseo de la familia era celebrar una ceremonia íntima, alrededor de un millar de seguidores del conjunto rojiblanco se congregaron junto al panteón para despedir al que fuera presidente del club durante diecisiete años. Esa misma mañana, más de 20.000 seguidores del Atlético visitaron la capilla ardiente instalada en el estadio Vicente Calderón.
El primer partido que disputó su equipo fue el 16 de mayo ante el Zaragoza. En el estadio se vivió un sentido homenaje guardando un minuto de silencio al que le siguió otro con una ovación cerrada, con todos los aficionados puestos en pie aplaudiendo, sin gritos ni lemas. Su ausencia se notó sobre todo en el palco, ya que nadie quiso ocupar la fila cero y en la que sólo había una corona de flores en el lugar que ocupó Gil en su última etapa. El Frente Atlético, por su parte, desplegó una gran pancarta con un dibujo del rostro de Gil y otra con el lema: "Jesús Gil D.E.P.".