SecuestroLa primera línea de investigación abierta por la Policía fue orientada hacia el secuestro. Una banda de profesionales se habría llevado a la pequeña para posteriormente pedir un rescate. Meses después de su desaparición, la pista se desvanece porque no se ha conocido una exigencia de rescate. Es posible que la ausencia de reclamación tenga como origen la muerte de la niña en un accidente. Sin embargo, especialistas policiales subrayan el hecho de que el secuestro de una niña inglesa haya tenido lugar en un país tan cercano como Portugal y, por ello, el consiguiente revuelo mediático que provocaría.
Asesinato o muerte accidental
Tras los últimos indicios forenses ampliamente difundidos por medios de comunicación portugueses y británicos, la hipótesis del asesinato cobra fuerza. Una de las últimas acusaciones ventiladas contra los McCann refiere que su hija murió a causa de una sobredosis de somníferos que le administraron sus propios padres para poder pasar la velada en el restaurante. La versión se basa en el análisis toxicológico llevados a cabo en los fluidos corporales encontrados en el baúl del auto que alquilaron sus padres veinticinco días después de su desaparición. Las pericias indican que Madeleine consumió una cantidad "significativa" de píldoras.
Además, existen otras posibles pistas que reforzarían la tesis del asesinato: pelo de la menor, rastros de sangre y el olor a cadáver. Otra de las versiones que circulan en la prensa sostiene que el cuerpo de Madeleine pudo ser arrojado al mar y que un británico propietario de un yate pudo participar en la desaparición del cuerpo. Gerry McCann ha calificado de "ridículas" las acusaciones contra él y su mujer.
Violación o pedofilia
Los investigadores no han descartado aún que la pequeña Madeleine pudo haber caído en manos de una red internacional de pedófilos. Pero, llama la atención que los criminales hayan escogido a una niña de clase media que se encontraba con su familia en un enclave turístico y no hayan tenido en cuenta la repercusión mediática que tendría el caso. Mayor sentido tendría que Maddie haya sido víctima de un delincuente sexual que la asesinó tras violarla.
Robo
Los robos que en los días anteriores a la desaparición de Madeleine hubo en el complejo turístico llevaron a pensar a las autoridades portuguesas que la pequeña fue raptada porque descubrió al delincuente en la habitación que compartía con sus hermanos. Los padres dijeron que el peluche con el que dejaron dormida a Maddie fue encontrado en una repisa a la que su hija no llegaba.