La Primera Sala Penal para Reos en Cárcel determinó que Humala es culpable, entre otros, de los delitos de homicidio calificado, rebelión y tenencia ilegal de armas, por haber dirigido en enero del 2005 la toma de la comisaría de la localidad andina de Andahuaylas, que se saldó con la muerte de cuatro policías. El tribunal también condenó a los acusados Daniel Ludueña, a 15 años de cárcel, y Tito Palomino, a 20 años de prisión.
Humala, que pasó gran parte de las casi cuatro horas de lectura de la sentencia leyendo varios periódicos e incluso realizando algunos pasatiempos, escuchó tranquilo la sentencia y no realizó ninguno desplante al tribunal. Diferente fue el talante en el espacio habilitado para los periodistas y el público, donde se mezclaban familiares de los policías fallecidos y simpatizantes de Humala.
El momento más crítico ocurrió cuando un presunto "etnocacerista", como se conoce a los seguidores del movimiento ultranacionalista de Humala, se peleó a golpes con un camarógrafo de una canal de televisión, lo que obligó a intervenir a la policía. La abogada defensora de Humala, Rosario Montero, calificó este hecho como "parte de un show mediático del Gobierno", y aseguró que el hombre que inició la pelea era "un infiltrado" sin relación alguna con el grupo ultranacionalista.
El otro punto de polémica se originó cuando la jueza principal del proceso, Carmen Rojassi, acotó que el funcionario encargado de leer la sentencia había cometido un "lapsus". Durante la lectura se señaló que el sentenciado Ludueña había sido encontrado culpable de homicidio calificado por una decisión "en mayoría", en lugar de "unanimidad", como rectificó luego la presidenta de la sala. Esto provocó la queja de la abogada de Humala, quien exigió que se leyera el voto en discordia del miembro del tribunal, a lo que se negó Rojassi, lo que llevó a la defensora a anunciar que presentará una denuncia ante el órgano de control de la magistratura peruana.
Uno de los hermanos de Antauro, Ulises Humala, afirmó que la sentencia fue "injusta" porque, según dijo, "hay que tomar en cuenta el elemento político y no se han respetado todos los procedimientos jurídicos, no ha habido reconstrucción de los hechos, que es indispensable".
En el perímetro del penal de Lurigancho, al este de Lima, se colocó un gran contingente policial, pero dos mujeres, una de ellas con un improvisado cartel en el que se leía "Antauro es del pueblo, justicia", fueron las únicas personas que acudieron a la puerta de la cárcel para apoyar al líder etnocacerista.
Antauro Humala fue procesado durante los últimos 17 meses por haber liderado el 1 de enero de 2005, junto a un grupo de reservistas del Ejército, un ataque contra la comisaría de Andahuaylas, en el sureste del país, para pedir la dimisión de presidente Alejandro Toledo (2001-2006), incidente en el que murieron cuatro policías y dos asaltantes. Los amotinados de Andahuaylas formaban parte de una facción política denominada "etnocacerista", en alusión a su propuesta de reivindicación de la "raza cobriza" y su admiración por el mariscal Andrés A. Cáceres, héroe de la resistencia peruana durante la guerra con Chile (1879-1884).