El auto de la juez Alaya en el que decreta la prisión preventiva para el exconsejero socialista de la Junta de Andalucía, Antonio Fernández, se refiere expresamente a "sus superiores" como responsables de la puesta en marcha del entramado conocido como "fondo de reptiles" para ayudas injustas a empresas y a trabajadores. Desde el momento en que Fernández fue designado Consejero, sólo tuvo dos superiores: Manuel Chaves González y José Antonio Griñán.
En período anterior reflejado en el auto, de abril de 2000 a abril de 2004, Fernández fue viceconsejero siendo su superior José Antonio Viera, diputado socialista y ya ex secretario provincial del PSOE de Sevilla, profusamente citado en el auto así como su hija, Sonia Viera.
El auto explica minuciosamente la estructura y el funcionamiento delictivo de la tela de araña socialista en la Sierra Norte de Sevilla, tejida por José Caballos, ex secretario provincial del PSOE y exportavoz parlamentario del PSOE andaluz, el propio José Antonio Viera, el ex director general ya imputado, Francisco Javier Guerrero, y el ex alcalde socialista de la localidad serrana de El Pedroso, Rafael Rosendo Villavieja.
El auto de la juez lo dice de este modo:
"El inculpado Don Antonio Fernández García, Viceconsejero de Empleo y Desarrollo Tecnológico de la Junta de Andalucía desde el 29 de Abril de 2000 hasta el 25 de Abril de 2004 y a partir de esta fecha Consejero de Empleo hasta el 22 de Marzo de 2010, participó indiciariamente junto a otros, superiores y asesores externos, en la ideación y elaboración del Convenio Marco de 17 de Julio de 2001 suscrito entre la Consejería de Empleo y el Instituto de Fomento de Andalucía, firmando dicho documento el Sr. Fernández García en su condición de Presidente del mencionado Instituto, y ello con la finalidad de dotar a la Consejería de Empleo (de la que en aquel momento era Viceconsejero) de un sistema operativo propio, pues el IFA pertenecía por aquel entonces a dicha Consejería. El propósito con dicho sistema sería eludir ilícitamente los importantes controles que podía ejercer la Intervención de la Junta de Andalucía en los futuros expedientes de ayudas públicas y por consiguiente agilizar los pagos de las mismas, y todo ello ante los reparos que ya había expuesto la Intervención a pagos anteriores relativos a la ayuda sociolaboral a favor de la entidad Hijos de Andrés Molina.
Y poco más adelante dice:
Presuntamente el inculpado y los que junto a él intervinieron en la ideación y aprobación del mencionado sistema operativo, conocían que se estaba incumpliendo con ello frontalmente el artículo 38 de la Ley General de la Hacienda Pública de la Comunidad Autónoma de Andalucía (hoy artículo 39), que sancionaba con la nulidad de pleno derecho, además de las responsabilidades a que hubiera lugar, a aquellos actos administrativos que aplicaran créditos para gastos para finalidades distintas de las que hubieran sido autorizadas en la Ley de Presupuestos o que generasen gastos que superasen los créditos presupuestarios, conociendo el inculpado que si esta Ley establecía que las citadas transferencias sólo podían utilizarse para financiar la gestión ordinaria de la empresa, en modo alguno podrían utilizarse para financiar actuaciones objeto de una subvención excepcional.
Además, la juez anuncia una investigación en el ámbito juridico de la Junta de Andalucía:
En cualquier caso, y derivado del alegato de la defensa realizado en el día de hoy, también deberá ser objeto de investigación, si en el asesoramiento que pudo recibir el Sr. Fernández en toda su etapa como Consejero de Empleo por los Servicios Jurídicos de la Junta de Andalucía y en relación a la aplicación del Convenio Marco, hubiesen prevalecido los criterios políticos sobre los jurídicos. Resulta dificilmente creible, y por eso también se basa la imputación del Sr. Fernandez, que él mismo siendo Viceconsejero y Consejero de Empleo, no conociera la normativa Comunitaria sobre las ayudas de Estado, cuando él mismo ha reconocido que ha ido a Bruselas cuando se lo han indicado, para defender la concesión de determinadas ayudas. No obstante, como quiera que a lo largo de su declaración puso de manifiesto en este tema, así como en muchos otros, que los Servicios Jurídicos no le indicaron la necesidad del cumplimiento de dicha normativa, este extremo deberá ser igualmente investigado.
El partidismo en el uso del dinero público
Según la juez,
El diseño de este instrumento pretendería además institucionalizar la arbitrariedad y la discrecionalidad en la concesión de las ayudas públicas, y por ende, permitir un uso extraordinariamente abusivo en el manejo de los fondos públicos, pues al no existir controles y estar las citadas ayudas huérfanas del procedimiento legalmente exigible, podían regalarse las mismas fraudulentamente a un extensísimo grupo de personas físicas y jurídicas, cuyos privilegios procedían de ser personas o entidades próximas a los cargos de la Junta de Andalucía y del PSOE andaluz, bien por razones de amistad, parentesco, afiliación política u otro tipo de interés, actuación bien alejada de los propios principios de actuación de la Junta de Andalucía según el artículo 133 de su Estatuto de Autonomía que recoge entre otros el de servir con objetividad al interés general, el principio de eficacia, de racionalidad, de imparcialidad, de lealtad institucional, de buena fe, de protección de la confianza legítima de los ciudadanos y de no discriminación a los mismos.
Y sigue:
...De esta forma el inculpado Sr. Fernández García permitió, en connivencia con otros, las numerosas consecuencias de tal ilícito proceder: en primer lugar, no hubo el menor control sobre las solicitudes, pues en la gran mayoría de los casos éstas ni siquiera existían, no se comprobó las previas condiciones de los solicitantes, ni tampoco el cumplimiento de las obligaciones impuestas a los empresarios y el destino de las ayudas; y en segundo lugar, se adquirieron compromisos de pago superando los límites de los créditos presupuestarios en contra de lo dispuesto en el citado artículo 38.2 de la Ley General de la Hacienda Pública, generando obligaciones millonarias para la Junta de Andalucía, que de haberse seguido el procedimiento de subvención excepcional no se hubieran producido; concretamente a Octubre de 2004 el importe que se había comprometido por la Consejería de Empleo de la que era titular, sin cobertura en los presupuestos de la Junta de Andalucía ascendía según la Intervención General y los datos facilitados por el IFA a 44.462.613,00€.
[Fernández], "con total despreocupación por el destino del dinero público, ni ordenaría, ni supervisaría, que en las ayudas otorgadas por sus Directores Generales se constituyeran comisiones de seguimiento que contemplaba el referido Convenio Marco para comprobar el fin dado a las mismas por parte de los beneficiarios, lo cual se ha traducido en que una buena parte de estas subvenciones encubiertas se hayan utilizado, por la ausencia de control por parte de la Administración de la que el Sr. Fernández sería uno de los presuntos responsables, para el enriquecimiento personal de sus perceptores, extremo del que fue conocedor y consentidor el imputado Antonio Fernández, quien no iniciaría ninguna actuación para el reintegro de los fondos ilegalmente percibidos.
En otro orden de cosas, el imputado D. Antonio Fernández García propició de forma indiciaria, la concentración de un elevadísimo número de ayudas directas a empresas por la sola razón de que las mismas, sus titulares o socios, pertenecían al ámbito personal o político del PSOE andaluz. De esta forma con absoluto olvido del principio de buena administración y de igualdad de oportunidades y en definitiva de la máxima de servir con objetividad al interés general, el inculpado permitió durante su etapa como Viceconsejero y Consejero que se favoreciera desmesuradamente a empresarios de una determinada zona de la provincia de Sevilla, la comarca de la Sierra Norte, consintiendo la utilización de fondos públicos por dichas motivaciones absolutamente ilegítimas, en detrimento del resto de la Comunidad Autónoma de Andalucía... Aprovechando esa financiación arbitraria de las prejubilaciones por parte de la Junta de Andalucía, el hoy inculpado abusando de su cargo y sin que existiera ninguna norma legal que amparase este proceder, permitió con la finalidad de beneficiar injustamente a determinadas personas próximas al entorno del PSOE andaluz o a determinados cargos de la Administración Autonómica, que a las mismas se les hicieran pólizas de rentas o que con la misma finalidad, percibir prestaciones a las que no tenían derecho, se incluyeran en otras pólizas de rentas destinadas a prejubilaciones de los trabajadores de empresas para las que nunca había trabajado, y todo ello con cargo a la Junta de Andalucía que es quien pagaba las primas o la mayor parte de ellas.