En su fallo particular, muy duro con la sentencia, como los del resto de discrepantes, Manuel Aragón denuncia que sus compañeros parten de un "enfoque inadecuado" al centrarse en la doctrina sobre el derecho de asociación, "cuando esto, en rigor, ni se discute ni resulta necesario para nuestro pronunciamiento". Arremete después contra el fallo porque entra "directamente" a analizar los estatutos de Sortu cuando debería, atendiendo a sus funciones, analizar "el auto impugnado". Y lamenta que se aborde antes el "contraindicio", es decir, la supuesta condena de la violencia que hace Sortu, que los indicios aportados por el tribunal.
Aragón disecciona también la contradicción "flagrante" que figura en el fallo, cuando tras afirmarse que no le compete al TC revisar las pruebas aportadas en el proceso, el texto entra a "valorar, negativamente, esos elementos probatorios para concluir con un rechazo, sin apenas argumentación, de la valoración efectuada por el Supremo.
Aragón denuncia también que "no es cierto que la condena del terrorismo sea suficiente para contrarrestar otros elementos de convicción del Supremo" y que, en cualquier caso, decir en la sentencia que la condena de ETA es suficiente para contrarrestar las pruebas aportadas por el Supremo y refutar su argumento es "desvirtuar o reescribir lo dispuesto en la Ley de Partidos, que en ningún momento establece que procede la inscripción de un partido político cuando condene en sus estatutos la violencia terrorista".
El magistrado, además, no aprecia lo que "de manera un tanto entusiasta" se afirma en el fallo: que hay una "condena inequívoca del terrorismo". Dice Aragón "que no aparece por ninguna parte" pese a que el Constitucional le otorga a ello "una relevancia decisiva". "Más allá del envoltorio retórico característico (...) lo cierto es que, frente a expresiones como las que recoge la sentencia de la que discrepo, ocurre que ese aparente rechazo al terrorismo de ETA aparece contrapesado en términos de equidistancia, con referencias a otras violencias". Añade Aragón que ese rechazo "se proyecta en todo caso hacia el futuro" pues en ningún punto de los estatutos "existe una condena expresa de los atentados de ETA que hasta la fecha han ocasionado más de 800 muertos". Para Aragón, por tanto, "los términos del rechazo del terrorismo en los estatutos no pueden ser tenidos en cuenta como un contraindicio suficiente" para desestimar el fraude del que habla el Supremo.
Aragón entra a continuación a denunciar que el Constitucional se está inmiscuyendo en las tareas del Supremo. Para el magistrado, "no se puede pretender que este Tribunal, en la función de control constitucional que le corresponde, proceda a sustituir por la suya (y además sin argumentación suficiente) la valoración de la prueba practicada en el proceso del Supremo". "Lo único que corresponde es verificar si la valoración judicial ha sido más improbable que probable o a la inversa. En el presente caso, me parece incuestionable que esa valoración ha sido más probable que improbable", dice Aragón, que añade que el Supremo ha "inferido de modo razonable y no arbitrario" que Sortu pretende "continuar la actividad de los partidos ilegalizados y disueltos".
Añade el magistrado, como sus compañeros, que se da "más crédito a las calculadas manifestaciones de los promotores y dirigentes en el acto de presentación" de Sortu "que a la numerosa prueba documental" en la que se basa el Supremo. Y denuncia, con otras palabras, esa ingenuidad y fe ciega del Constitucional en los estatutos del partido: "Precisamente por el empeño engañoso consustancial al fraude carece de sentido que quien lo intenta realizar lo confiese paladinamente, y por ello resultaría cuando menos candoroso exigir que quienes quieren engañar lo manifiesten de manera fehaciente".
Termina Aragón criticando la última parte de la sentencia, la referida a las condiciones para que Sortu siga siendo legal. Para el magistrado, es una nueva intromisión del TC porque son “pronunciamientos improcedentes en un proceso de amparo”. Pero más allá de eso, destaca cómo si se aplicase el “catálogo de conductas” ilegales “a los estatutos de Sortu, cuya pureza democrática ha ensalzado la sentencia, se llegaría a la conclusión de que los estatutos incurren en varias de las conductas a las que se refiere el catálogo, lo que conduciría a denegar la inscripción” del partido. El juez ve múltiples ejemplos de “equiparación” entre víctimas y verdugos en los estatutos y así lo deja claro en su voto particular.