La Audiencia Nacional tiene abierta actualmente una decena de procesamientos por delitos internacionales cometidos en distintas partes del mundo. Causas en Israel, Guantánamo, China o Ruanda son investigadas desde la sede de este tribunal en Madrid. A raíz de la aprobación de la reforma de la Nueva Oficina Judicial, el Congreso a puesto coto a la justicia universal: sólo se podrán investigar aquellos casos que tenga algún vínculo con España.
A continuación, se exponen las principales causas que los jueces estrella han abierto desde sus juzgados de la Audiencia Nacional.
Alemania: El 17 de julio de 2008 el juez de la Audiencia Nacional Ismael Moreno admitió a trámite una querella interpuesta por supervivientes españoles contra cuatro guardias de las SS en los campos de concentración de Mauthausen, Sachsenhausen y Flossenbürg, que ahora residen en EEUU.
Argentina: El 28 de marzo de 1996, el juez Baltasar Garzón admitió a trámite una denuncia de la Unión Progresista de Fiscales contra militares argentinos por la desaparición de 30.000 personas, entre ellos 35 españoles (luego ampliados a 200).
Irak: el juez Santiago Pedraz mantiene abierta una causa por la muerte del cámara de Telecinco José Couso en Bagdad (Irak) el 8 de abril de 2003, y el pasado 21 de mayo volvió a dictar el procesamiento -que había sido revocado por la sala de lo penal de la Audiencia Nacional- de tres militares norteamericanos como responsables de los hechos.
Chile: En agosto de 1996 el juez Manuel García Castellón abrió una investigación sobre los españoles desaparecidos en la dictadura de Pinochet (1973-1990). La causa pasó al juez Garzón, que estaba investigando los españoles desaparecidos en Argentina. En octubre de 1998, Garzón logró la detención en Londres de Pinochet, al que procesó por terrorismo, genocidio y torturas.
China: El 6 de junio de 2006, el Tribunal Supremo ordenó a la Audiencia Nacional que investigue la muerte de seguidores de Falun Gong en China entre 1999 y 2002, al estimar un recurso de ese movimiento. Por otro lado, el 28 de junio de 2005 el Comité de Apoyo al Tíbet (CAT) presentó una querella contra siete ex dirigentes chinos por supuestos delitos de genocidio, tortura y terrorismo contra el pueblo tibetano. Independientemente, en agosto de 2008 el juez Santiago Pedraz abrió otra investigación contra dirigentes chinos por la reciente represión en el Tíbet, que desde marzo de 2008 habría causado 203 muertos, mil heridos y más de cinco mil detenidos. Este martes el juez admitió a trámite la querella.
Guatemala: En diciembre de 1999, Rigoberta Menchú, premio Nobel de la Paz, denunció en España a ocho ex altos cargos guatemaltecos por genocidio, terrorismo y torturas. Durante 2006 la Audiencia se declaró competente para investigar la causa y el juez Santiago Pedraz dictó órdenes de captura internacional contra siete ex altos cargos guatemaltecos, cuya extradición solicitó el gobierno español.
Israel: El 24 de junio de 2008, el Centro Palestino para los Derechos Humanos (PCHR, en inglés) presentó una demanda ante la Audiencia Nacional contra siete ex destacados militares israelíes por presuntos crímenes de guerra en la franja de Gaza en 2002.
El Salvador: El juez Eloy Velasco instruye desde el pasado mes de enero la querella contra catorce miembros del Ejército salvadoreño presuntamente implicados en el asesinato en 1989 de cinco jesuitas españoles y otro salvadoreño y de dos mujeres en la Universidad Centroamericana (UCA) en San Salvador.
Marruecos: El 14 de septiembre de 2006, asociaciones de apoyo al pueblo saharaui y pro derechos humanos denunciaron ante la Audiencia Nacional a 31 militares marroquíes por la desaparición de 542 saharauis desde España se retiró del territorio en 1975. El 17 de diciembre de 2007, el juez Baltasar Garzón admitió a trámite la querella contra 13 militares marroquíes por delitos de genocidio, presentada por los hijos de cuatro desaparecidos.
Ruanda: El 22 de febrero de 2005, el Fórum Internacional para la Verdad y la Justicia en el Africa de los Grandes Lagos presentó en la Audiencia Nacional una querella contra 69 altos cargos de Ruanda por el asesinato de nueve españoles entre 1994 y 2000. La denuncia acusaba al Frente Patriótico Ruandés (FPR, de etnia tutsi) de "ataque indiscriminados a la población civil basados en la preselección étnica”, tras haber conquistado el poder en Ruanda después del genocidio de los tutsis por los hutus, en el que hubo casi un millón de muertos en 1994.