El presidente de esta fundación próxima al PSOE, Pere Portabella, "dio cuenta de la dimisión" de López Garrido en la reunión del Patronato del 10 de julio de 2008, en la que agradeció la labor desarrollada hasta entonces por el actual secretario de Estado, "como así se recoge en el acta correspondiente", precisó la institución en un comunicado difundido después de que el Juzgado de Instrucción número 4 de Madrid haya imputado a López Garrido por un supuesto delito de prevaricación.

López Garrido está citado en calidad de imputado el próximo 4 de diciembre, cuando se le  interrogará en relación con una querella interpuesta por el Centro Jurídico Tomás Moro, que le acusa de un supuesto delito de prevaricación y malversación de fondos públicos en la concesión de dos ayudas con importes de 60.000 y 18.000 euros a la Fundación Alternativas, de la que fue patrono.

La Fundación subraya que ha acudido a las convocatorias públicas del programa 'Hablemos de Europa' "en las mismas condiciones que otras entidades" y destaca que ha recibido "cantidades muy inferiores a las solicitadas".

También señala que "siempre ha terminado en tiempo y forma todos los trabajos a los que hacía referencia la solicitud" y remarca que durante el periodo en el que López Garrido ha estado al frente de la Secretaría de Estado para la UE "ha recibido cantidades inferiores a las recibidas en los periodos precedentes".

La Fundación concluye considerando que la querella del Centro Jurídico Tomás Moro "no tiene base ni fundamento alguno" y afirmando que "se trata de una reacción del querellante ante su idea de que la Fundación es la inspiradora de la ley del aborto".

La querella del Centro Jurídico Tomás Moro indica que el sitio web de la Fundación Alternativas seguía mostrando hasta el 24 de mayo de 2008 a López Garrido como uno de los miembros del Patronato y que la página web del Ministerio de Cultura, en su sección consulta de Fundaciones, también se refería a López Garrido como perteneciente al patronato de la institución.

El querellante sostiene que López Garrido seguía siendo patrono de la Fundación --lo que el imputado niega y también la Fundación-- el 22 de julio cuando firmó la concesión de una ayuda de 60.000 euros a esa institución para realizar un análisis estadístico y presentación de resultados la encuesta nacional 'Hablemos de Europa: ¿qué Europa queremos?'. El Centro Jurídico Tomás Moro añade que López Garrido firmó otra subvención de 18.000 euros para la Fundación el 28 de abril de 2009 por la actividad 'Portal Web ¿Qué Europa queremos?'.

El Centro Jurídico indica en la querella tener "serias dudas" sobre la "veracidad" de la carta de dimisión de López Garrido que, afirma, "en nada altera los efectos de los hechos objeto de querella, ya que ni en los Estatutos de la Fundación ni en la Ley 50/2002 de Fundaciones se contempla la posibilidad de que un miembro del Patronato proclame una autosuspensión de sus actividades, pues la suspensión únicamente se contempla por resolución judicial (art. 19.3 Ley fundaciones) y el cese y nombramiento del cargo ha de hacerse por imperativo del art.18.1 y 29.5 de la misma Ley, mediante escritura pública e inscribirse en el Registro de Fundaciones".