En su asamblea fundacional, celebrada en Pamplona, Segi aprobó un manifiesto en el que se declaraba "nacional, independentista, socialista, revolucionaria, joven, euskaldun y plural".

El propósito de Segi era suceder como organización juvenil de la izquierda abertzale a Haika, ilegalizada un mes antes por el juez de la Audiencia Nacional Baltasar Garzón "por formar parte de la estrategia de terror y violencia de ETA", y cuya cúpula dirigente había sido detenida el 6 de marzo de 2001. A su vez, Haika había sido creada en abril de 2000 al unirse Jarrai, la organización juvenil de la izquierda abertzale nacida en 1979, y su equivalente francesa, Gazteriak.

Segi no tardó en seguir los pasos de sus predecesoras y, así, en diciembre de 2001 la Unión Europea (UE) la incluyó en su lista pública de organizaciones terroristas. El 5 de febrero de 2002, Garzón declaró la ilicitud de las actividades de Segi, al considerarla un mero "sucedáneo" de Haika y parte integrante de ETA-KAS-EKIN.

Un mes después fueron detenidas doce personas, supuestos responsables de Segi y, en julio de ese mismo año, Garzón declaró a Batasuna responsable de los daños causados por Segi en actos de violencia callejera y ordenó el embargo de sus bienes.

El 7 de febrero de 2005 comenzó en la Audiencia Nacional el juicio a 33 miembros de las organizaciones Jarrai-Haika-Segi acusados de los delitos de pertenencia o colaboración con ETA, aunque el fiscal retiró los cargos contra cinco de ellos, por lo que finalmente fueron juzgados veintiocho.

En la sentencia, notificada el 20 de junio de 2005, la Audiencia Nacional ordenó la disolución de Jarrai, Haika y Segi "en tanto asociaciones ilícitas que son", pero señaló que no podían ser consideradas organizaciones terroristas porque, a pesar de que sus actuaciones perseguían los mismos fines que ETA, "nunca se enmarcaban en la utilización de armas".

Dieciséis de los procesados fueron condenados a tres años y medio de prisión "en su condición de dirigentes" y otros ocho a dos años y medio de cárcel por ser "miembros activos" de la organización. Cuatro más fueron absueltos.

La sentencia fue recurrida por la Fiscalía y por la Asociación Víctimas del Terrorismo (AVT) ante el Tribunal Supremo, que el 19 de enero de 2007, considerando que las tres organizaciones juveniles eran organizaciones terroristas y no meras asociaciones ilícitas, elevó a seis años de cárcel las penas impuestas a veintitrés acusados y absolvió al otro.

Desde que el Supremo dictó su sentencia, la operación más importante contra Segi hasta la de este martes fue la efectuada por la Policía en noviembre y diciembre de 2007, cuando se desmanteló su estructura en Guipúzcoa con la detención de cuatro personas en San Sebastián y otras quince en Madrid cuando se disponían a entregarse en la Audiencia Nacional.

Durante 2009, Segi ha sido objeto de varias actuaciones policiales y judiciales, tanto en España como en Francia, la última de ellas el pasado día 11, cuando la Gendarmería de Bayona detuvo a dos presuntos miembros de la organización juvenil y dos días después a un tercero, acusados los tres de intentar robar una bandera francesa en la localidad de Ustaritz.