"Las sombras del 11-M" se centra en aspectos fundamentales de la investigación, comenzando por la aparición de la furgoneta de Alcalá de Henares, la detención de cinco personas en la jornada de reflexión para las elecciones generales, la aparición de la llamada "mochila de Vallecas", su composición, y su relación con la masacre. El reportaje también intentará responder quién y por qué trasladó los explosivos supuestamente utilizados en las bombas aquel 11-M, y abordará los hechos que rodearon la explosión del piso de Leganés el 3 de abril de 2004 y el grado de implicación de los siete suicidas en los hechos del 11-M.