Desde el ascenso de Zapatero a la Secretaría General del PSOE, en el que la propia Trinidad Jiménez jugó un papel muy importante, "Trini" ha sido una de las personas de confianza del presidente del Gobierno, que la ha elegido para tareas complejas tras las cuales ha ido otorgándole cada vez premios más importantes.
Así, tras su paso por la política municipal de Madrid, con derrota por goleada frente a Gallardón, tuvo su primera experiencia gubernamental en la política exterior, siendo nombrada secretaria de Estado para Iberoamérica, un departamento que se creaba en ese momento.
El 7 de abril de 2009 recibió un premio aún mayor: ministra de Sanidad, cargo en el que sustituyó a un pasajero Bernat Soria y en el que muy pronto tuvo que enfrentarse a un problema de gran impacto en la opinión pública: la gripe A. La gestión de Jiménez fue elogiada en su momento, pero con el paso del tiempo se ha visto bastante en entredicho: participó de la magnificación del problema y se encargó de la adquisición de millones de vacunas que los médicos recomendaban no usar y que a día de hoy no se sabe bien donde se pudren.
Sin embargo lo más destacado de su última fase en política fue su irrupción en las primarias de la PSM para enfrentarse a Tomás Gómez, empeño para el que fue elegida por Zapatero (aunque ella lo negase) y en el que ha sufrido una de las mayores humillaciones políticas que se recuerdan: tras ser apoyada claramente por Zapatero y casi toda la plana mayor del PSOE perdió en las urnas por unos centenares de votos.
Después de esto y pese a que durante la campaña afirmó una y otra vez su vinculación con la política madrileña y su voluntad de trabajar por el cambio en la comunidad ha volado al Ministerio de Exteriores, lo que supone sin duda la culminación de una carrera política que parecía seriamente tocada tras haber pasado por la segunda derrota en la segunda ocasión en la que se enfrentaba al veredicto de las urnas.