L D (EFE) Internacional argentino, aunque posee la nacionalidad italiana, Milito es finalmente el defensa elegido para liderar la zaga culé. Nacido en Bernal (provincia de Buenos Aires) el 7 de septiembre de 1980, Militó empezó a jugar a fútbol en las categorías inferiores del Club Atlético Independiente, hasta que en 1997 pasó a formar parte de la primera plantilla de los "diablos rojos" y se convirtió en poco tiempo en un ídolo para la afición de Avellaneda.
Con sus marcajes pegajosos, un gran sentido de la anticipación gracias a su enorme velocidad y un fuerte carácter que le convirtió en el jefe de la zaga, fue apodado "El Mariscal", en comparación con Roberto Perfumo. Durante sus temporadas en Argentina, quedarán para el recuerdo sus duelos con su hermano Diego, quien entonces militaba en Racing Club, el eterno rival de Independiente. Ambos protagonizaron apasionados duelos, dejando de lado su condición de hermanos durante los noventa minutos para defender su camiseta.
En marzo de 2001 sufrió una grave lesión en el ligamento cruzado anterior de su rodilla derecha, que lo mantuvo nueve meses alejado de los terrenos de juego. Cuando volvió con el equipo, una nueva lesión en el menisco externo de su rodilla derecha volvió a alejarle de la competición durante cuatro meses más. Milito no se hundió y trabajó duramente para volver con el equipo y lidera la zaga de Independiente. Con Américo Gallego de entrenador y 'El Mariscal' liderando la zaga, Independiente ganó el Apertura de 2002, en el que el defensa mostró la total recuperación de su maltrecha rodilla derecha.
No pensaron lo mismo los médicos del Real Madrid el 18 de julio de 2003, ya que desaconsejaron su fichaje por el club blanco, cuando todo el acuerdo estaba ya casi cerrado, al considerar que no estaba plenamente recuperado de la lesión de ligamentos cruzados en su rodilla derecha La nota del Madrid decía que "habiendo realizado el imprescindible reconocimiento médico y tras rigurosas exploraciones, el cuerpo médico considera que, teniendo en cuenta la intensidad y la frecuencia de los esfuerzos exigidos por el Madrid, no puede garantizar su máximo rendimiento".
Pese al interés mostrado por su compatriota Jorge Valdano, entonces director deportivo del club blanco, para incorporar a Milito, la operación finalmente no cuajó y fue el Zaragoza quien se hizo con sus servicios inmediatamente. En el equipo aragonés Militó demostró que los galenos del Real Madrid se equivocaron totalmente con él, ya que ha sido sin duda el líder de la zaga maña desde su llegada y uno de los puntales del equipo, con el que ha disputado 138 partidos y ha conseguido 5 goles en Liga.
Con el equipo maño, ha conquistado una Copa del Rey (precisamente frente al Real Madrid, en 2004) y la Supercopa de España de 2005 ante el Valencia. En 2005, el Zaragoza fichó a su hermano Diego procedente del Genoa italiano, con lo que los dos Milito coincidieron por primera vez en un equipo a nivel de clubes.
En la liga española, Milito ha demostrado lo que ya apuntaba en Argentina: es un central rápido, expeditivo al corte, con un buen dominio del juego aéreo y con capacidad para sacar el balón desde la defensa. Sus buenas actuaciones le han servido para ser un fijo con la selección argentina y han llamado la atención de varios clubes de primer nivel.
También la Juventus de Turín se ha mostrado muy interesado en que el argentino lidere la zaga del equipo italiano en su regreso a la Serie A, pero finalmente ha fichado por el Barcelona, equipo en el que juega su compañero de selección Leo Messi y por el que Milito nunca ha escondido su ilusión por jugar allí.