LD (Pedro de Tena) Pérez Royo llegó a calificar a los jueces que reconocieron el derecho a la objeción de conciencia de la asignatura como "delincuentes" porque los acusaba de "fraude de Constitución", lo que motivó una denuncia de los afectados ante el Ministerio Público sevillano. El párrafo del artículo en cuestión era el siguiente:
"La desvergüenza de esta manera de proceder es difícilmente superable. La Sala no puede no saber que no puede hacer lo que ha hecho y que, en consecuencia, está cometiendo el delito de prevaricación. Pero como también sabe que nadie le va a exigir la responsabilidad penal que correspondería, ha decidido hacerlo.
Es un caso de corrupción institucional en el sentido fuerte del término, de desnaturalización de la institución por parte de quien es portador de la misma. Formalmente los tres magistrados que han constituido la mayoría de la Sala han actuado como jueces. Materialmente han actuado como unos delincuentes, que han hecho un uso desviado del poder que la Constitución les confiere.
A la desvergüenza de los jueces ha seguido la de la presidenta de la Comunidad Autónoma de Madrid, que se ha amparado en la sentencia de la Sala de Andalucía para poner en marcha un registro de objeción de conciencia sin cobertura legal de ningún tipo."
Además, Pérez Royo se expresaba así en su artículo de 23 de mayo: "Desde un punto de vista jurídico el problema que esta actuación desvergonzada de los tres magistrados de la Sala de lo Contencioso Administrativo del Tribunal Superior de Justicia de Andalucía que han formado la mayoría que ha dictado la sentencia por la que se han anulado determinados fragmento de las órdenes de la Junta de Andalucía dictadas en aplicación de la ley, carece de entidad. Es ruido, pero nada más que ruido. En su momento, el Tribunal Supremo acabará poniendo las cosas en su sitio y dejando en evidencia la desvergüenza con que han actuado los magistrados del tribunal andaluz.".
Pero la Fiscal Jefe de Sevilla, María José Segarra, ha decidido inhibirse y dejar el caso en manos de la Fiscalía de Madrid al entender que el artículo supuestamente calumniador se publicó en un diario de ámbito nacional y con sede en la capital española. La Fiscalía sevillana no tendrá que pronunciarse sobre la denuncia presentada por los magistrados de la Sección Tercera de la Sala de lo Contencioso Administrativo del TSJA, pero antes de inhibirse ya ha dejado claro que sí aprecia indicios de que el contenido del texto firmado por el catedrático Pérez Royo puede constituir un delito de calumnias
Los jueces denunciantes parecen haber interpretado la postura del Ministerio Público sevillano como un intento de eludir un asunto polémico con el trasfondo político del debate sobre la asignatura Educación para la Ciudadanía.