L D (EFE) Gil llegó al cargo con el fichaje, en plena campaña por la presidencia, del delantero portugués Paulo Futre, que ese mismo año había ganado la Copa de Europa con el Oporto. El nuevo presidente comenzó con mal pie ya que el equipo perdió la final de la Copa del Rey ante la Real Sociedad, en Zaragoza, al día siguiente de los comicios. Gil revolucionó el club. Prescindió del entrenador Luis Aragonés y fichó al argentino César Menotti. Además incorporó a jugadores significativos de aquellos años como Marcos, Futre, López Ufarte, Goicoechea, Eusebio y Julio Salinas. El primer proyecto de Gil terminó con un tercer puesto en la Liga y después llegaron varios fracasos que llevaron a que el presidente batiera récords de entrenadores destituidos: Ufarte, Briones, Maguregui, Briones, Atkinson, Addison, Briones, por tercera vez, Javier Clemente, Peiró e Ivic fueron técnicos esos años.
En 1991, Gil consigue su primer título con el Atlético, la Copa del Rey, ante el Mallorca, en el Bernabéu, 1-0 en la prórroga con gol de Alfredo Santaelena. En la temporada 91-92, Gil recuperó a Luis Aragonés y el Atlético ganó su Copa del Rey más importante, la que consiguió ante el Real Madrid en el Bernabéu, con goles de Schuster y Futre. Al final de esa temporada Gil se convirtió en dueño del club con su conversión en sociedad anónima deportiva y evitó su descenso a Segunda B. La transformación en sociedad anónima dará paso al proceso judicial cuyo último episodio es la condena, por la Audiencia Nacional, a Gil a tres años y medio de prisión y la orden de depositar las acciones del club de las que es propietario.
La alegría de la Copa del Bernabéu duró poco. Futre se peleó con el entrenador y salió del club, el Atlético perdió con el Barcelona en Copa, en su estadio, por 0-5, y Gil sustituyó a Luis por el argentino Omar Pastoriza, al que relevaría su compatriota Cacho Heredia. Tras estos relevos, Gil volvió a realizar frecuentes cambios de técnico que hicieron que por el banquillo del Manzanares pasaran Jair Pereira, Heredia, Emilio Cruz, José Luis Romero, Ovejero y Jorge d´Alessandro, a los que el año siguiente se añadieron el colombiano Pacho Maturana, Alfio Basile y Carlos Sánchez Aguiar. Fueron campañas sin éxitos, en las que el Atlético estuvo a punto de bajar a segunda en la 93-94 y en la 94-95.
Pero Jesús Gil fichó al yugoslavo Radomir Antic en la temporada 1995-96 y el equipo consiguió el doblete , Liga y Copa. Con un equipo que no contaba al principio de la temporada, se consiguió la Copa en La Romareda frente al Barcelona, y la liga en el último partido. Diez años después de llegar a la presidencia, Gil consiguió ver a su equipo en la Copa de Europa, donde llegó a cuartos de final y cayó en la prórroga frente al Ajax. Gil fichó al año siguiente al brasileño Juninho y al italiano Christian Vieri pero el equipo sólo logró entrar en la Copa de la UEFA en el último partido.
En la temporada 98-99 llegó un técnico con el prestigio del italiano Arrigo Sacchi, que fue destituido a mitad de temporada. Con Sánchez Aguiar y, posteriormente, Antic, de nuevo, el equipo llegó a semifinales de la UEFA y a la final de la Copa, en Sevilla, en la que el Valencia se impuso con claridad por 3-0. Gil lo volvió a intentar con un técnico italiano, Claudio Ranieri. Pero el 22 de diciembre de 1999 el club fue intervenido judicialmente por orden del juez de la Audiencia Nacional Manuel García Castellón, que nombró a Luis Rubí administrador judicial. Jesús Gil quedó apartado de la presidencia del Atlético. Ranieri se rindió ante el desastre y Rubí recuperó a Antic, con el que se consumó el descenso a Segunda en la penúltima jornada en Oviedo. Fue el 7 de mayo de 2000.
Gil encomendó el ascenso a Fernando Zambrano. Tras un mal arranque liguero, el presidente fichó a Futre como director deportivo y a Marcos Alonso como entrenador, finalmente sustituido por Carlos Cantarero. El Atlético no consiguió el ascenso aunque tuvo posibilidades hasta la última jornada. Recuperó a Luis Aragonés para intentar por segunda vez el ascenso. Ocurrió todo lo contrario que el año anterior. El equipo empezó muy fuerte, en octubre ya era líder y no tuvo problemas para ascender. Luis continuó y formó una plantilla de garantías para no pasar apuros, como así ha sido y aspirar a entrar en Europa, pero siguió con los problemas judiciales. Una sentencia de 17 de febrero de 2003 le obligaba a restituir sus acciones y le condenaba a tres años y medio de prisión.
En 1991, Gil consigue su primer título con el Atlético, la Copa del Rey, ante el Mallorca, en el Bernabéu, 1-0 en la prórroga con gol de Alfredo Santaelena. En la temporada 91-92, Gil recuperó a Luis Aragonés y el Atlético ganó su Copa del Rey más importante, la que consiguió ante el Real Madrid en el Bernabéu, con goles de Schuster y Futre. Al final de esa temporada Gil se convirtió en dueño del club con su conversión en sociedad anónima deportiva y evitó su descenso a Segunda B. La transformación en sociedad anónima dará paso al proceso judicial cuyo último episodio es la condena, por la Audiencia Nacional, a Gil a tres años y medio de prisión y la orden de depositar las acciones del club de las que es propietario.
La alegría de la Copa del Bernabéu duró poco. Futre se peleó con el entrenador y salió del club, el Atlético perdió con el Barcelona en Copa, en su estadio, por 0-5, y Gil sustituyó a Luis por el argentino Omar Pastoriza, al que relevaría su compatriota Cacho Heredia. Tras estos relevos, Gil volvió a realizar frecuentes cambios de técnico que hicieron que por el banquillo del Manzanares pasaran Jair Pereira, Heredia, Emilio Cruz, José Luis Romero, Ovejero y Jorge d´Alessandro, a los que el año siguiente se añadieron el colombiano Pacho Maturana, Alfio Basile y Carlos Sánchez Aguiar. Fueron campañas sin éxitos, en las que el Atlético estuvo a punto de bajar a segunda en la 93-94 y en la 94-95.
Pero Jesús Gil fichó al yugoslavo Radomir Antic en la temporada 1995-96 y el equipo consiguió el doblete , Liga y Copa. Con un equipo que no contaba al principio de la temporada, se consiguió la Copa en La Romareda frente al Barcelona, y la liga en el último partido. Diez años después de llegar a la presidencia, Gil consiguió ver a su equipo en la Copa de Europa, donde llegó a cuartos de final y cayó en la prórroga frente al Ajax. Gil fichó al año siguiente al brasileño Juninho y al italiano Christian Vieri pero el equipo sólo logró entrar en la Copa de la UEFA en el último partido.
En la temporada 98-99 llegó un técnico con el prestigio del italiano Arrigo Sacchi, que fue destituido a mitad de temporada. Con Sánchez Aguiar y, posteriormente, Antic, de nuevo, el equipo llegó a semifinales de la UEFA y a la final de la Copa, en Sevilla, en la que el Valencia se impuso con claridad por 3-0. Gil lo volvió a intentar con un técnico italiano, Claudio Ranieri. Pero el 22 de diciembre de 1999 el club fue intervenido judicialmente por orden del juez de la Audiencia Nacional Manuel García Castellón, que nombró a Luis Rubí administrador judicial. Jesús Gil quedó apartado de la presidencia del Atlético. Ranieri se rindió ante el desastre y Rubí recuperó a Antic, con el que se consumó el descenso a Segunda en la penúltima jornada en Oviedo. Fue el 7 de mayo de 2000.
Gil encomendó el ascenso a Fernando Zambrano. Tras un mal arranque liguero, el presidente fichó a Futre como director deportivo y a Marcos Alonso como entrenador, finalmente sustituido por Carlos Cantarero. El Atlético no consiguió el ascenso aunque tuvo posibilidades hasta la última jornada. Recuperó a Luis Aragonés para intentar por segunda vez el ascenso. Ocurrió todo lo contrario que el año anterior. El equipo empezó muy fuerte, en octubre ya era líder y no tuvo problemas para ascender. Luis continuó y formó una plantilla de garantías para no pasar apuros, como así ha sido y aspirar a entrar en Europa, pero siguió con los problemas judiciales. Una sentencia de 17 de febrero de 2003 le obligaba a restituir sus acciones y le condenaba a tres años y medio de prisión.