LD (Agencias) Nexhad Vejzagic, portavoz de la Policía del ente bosnio-croata de Bosnia, ha mencionado que equipos de rescate encontraron tanto la carcasa del avión como los nueve cuerpos de los viajeros y la tripulación del aparato siniestrado en una zona montañosa cercana a la ciudad bosnia de Stolac.
Junto con Trajkovski viajaban la jefa de su gabinete, Dimka Boshkovic, Risto Blazevski, consejero del presidente, y varios agentes de seguridad. Dragan Covic, titular de la Presidencia de Bosnia, informó en Mostar de que "según informaciones extraoficiales, el avión en el que viajaba el presidente Trajkovski tuvo un accidente". Los radares perdieron contacto con la aeronave minutos después de las ocho de la mañana.
El acto en el que se iba a presentar la solicitud de ingreso de Macedonia en la Unión Europea (UE) fue cancelado en Dublín tras la muerte de Trajkovski. En el acto iba a participar el primer ministro macedonio, Branko Crvenkovski quien decidió volver a su país junto a toda la comitiva, en la que también había periodistas. Ahern envió sus condolencias a las familias de los fallecidos, en general, y al primer ministro macedonio.
"El presidente Trajkovski representaba la ambición de Macedonia de convertirse en miembro de la Unión. La jornada de este jueves debería de haber sido un día gozoso para él", afirmó Ahern que destacó también su "enorme contribución" al proceso de reconciliación en el país balcánico entre las fuerzas de seguridad y la guerrilla albanesa.
Trajkovski fue elegido presidente el catorce de noviembre de 1999 y accedió a la presidencia el quince de diciembre. Además, es uno de los dirigentes de la Iglesia Metodista de Macedonia. Licenciado en Derecho en 1980, su trayectoria política ha estado marcada por la batalla contra la intolerancia etnica.