L D (EFE) Butragueño regresó al Real Madrid, tras su exitosa etapa como jugador, el 15 enero de 2001 cuando asumió las funciones de adjunto a la dirección deportiva que ocupaba Jorge Valdano. El 11 de junio de 2004 Butragueño pasó a ocupar la dirección general deportiva, puesto que compaginó con la vicepresidencia desde el 21 diciembre del mismo año, cuando fue nombrado vicepresidente en la directiva de Florentino Pérez.
"He conocido a profesionales de los que aprender mucho y que han sido importantes en mi vida. El Emilio que entró el 15 de enero de 2001 al que se marcha un 5 de julio de 2006 ha cambiado mucho. Ha sido una experiencia muy enriquecedora y por eso le doy las gracias al club", afirma Butragueño a Realmadrid.com.
En su despedida se mostraba, como siempre, caballeroso y deseando suerte a quienes le sustituyen en sus funciones y recordando la figura de presidentes que confiaron en él. "Quiero dar las gracias a todos, a los tres presidentes -Florentino Pérez, Fernando Martín y Gómez Montejano-, y a todos los compañeros, porque más allá de los cargos, hemos estado juntos. Además de los jugadores y empleados de la ciudad deportiva".
Y realizaba un balance de su etapa en el Real Madrid, club al que regresó después de finalizar su carrera como futbolista, ampliar sus estudios y ser asesor a la presidencia del Consejo Superior de Deportes (CSD). "Han sido años de mucha intensidad, sobre todo los dos últimos en los que hemos vivido situaciones muy estimulantes, pero a la vez muy intensas. Estar en este club es maravilloso. Me enorgullece haber permanecido durante estos cinco años", valora.
Butragueño destaca la modernización que ha protagonizado el Real Madrid en la última época. "Ahora mismo el club está francamente bien. Ramón Calderón, que ha sido partícipe en la junta directiva, se encuentra en una situación muy buena, soñada por todos los madridistas. Tenemos profesionales magníficos y el club se encuentra en una gran posición". En el día de su adiós, el Buitre comparó sus sentimientos actuales a los vividos en su retirada como futbolista. "Pasa lo mismo que cuando me retiré en 1995. El Real Madrid siempre va a estar dentro de mí, forma parte de mi vida y siempre estaré aquí. No es fácil, son etapas, pero ahora mismo empieza un nuevo proyecto con Mijatovic y su equipo. Con el presidente a la cabeza, les llega el turno de dar alegrías al madridismo".
Y confía en el tándem que formaran Capello, en el banquillo, y Mijatovic, en los despachos como nuevo director deportivo. "Pedja lo va a hacer bien. Capello es un entrenador que marca diferencias, y la plantilla no es tan mala como dicen. Con los fichajes que vendrán, el equipo será muy competitivo". "Estoy convencido de que tanto Fabio Capello como Pedja van a formar un gran equipo. Los jugadores están deseando hacer un equipo competitivo, ganar títulos e ir a La Cibeles al final de la temporada. Se van a entregar. Quieren sentirse orgullosos de formar parte del Real Madrid", señala. Es el último mensaje de un Butragueño que se marcha del Real Madrid agradeciendo el cariño con el que le ha tratado el madridismo y los socios.