El 27 de mayo, a solo dos meses y medio de los atentados, el Parlamento español abre una comisión sobre los atentados del 11-M. "Los ciudadanos españoles se merecen un Gobierno que no les mienta, que les diga siempre la verdad", había dicho Alfredo Pérez Rubalcaba. Las concentraciones ilegales del día 13, entre acusaciones a Aznar de asesino, exigían "saber la verdad". Pero la comisión parlamentaria no llegaría al fondo de la cuestión, y en la medida en que servía para aportar nuevos datos para la investigación, acabó convirtiéndose en un elemento incómodo. Acabó cerrándose en falso.

 

Fueron muchas las comparecencias, pero más significativas (y también numerosas) las ausencias. El Partido Popular presentó una larga lista de propuestas, que en gran parte fueron rechazadas. El Gobierno de Aznar había sido acusado indirectamente de los atentados por su participación, se decía, en la guerra de Irak (lo que era falso, el Ejército jamás participó en guerra). Y se le había acusado directamente de mentir y engañar a los españoles, una acusación que han rebatido a cada ocasión, por lo que veían en la Comisión una oportunidad para demostrar su inocencia. Además de Rafá Zouhier, pidió que se llamara a otros confidentes, como  a los confidentes José Ignacio Fernández Díaz, alias Nayo y a Francisco Javier Villazón Lavandera. También al guardia Jesús Campillo de la Guardia Civil de Asturias, el capitán Marful, jefe de la Unidad Orgánica de Policía Judicial de la Comandancia de la Guardia Civil de Oviedo o y el comandante Jambrina, de la Comandancia de la Guardia Civil de Oviedo, entre otros. No tuvieron éxito.

 

Se crearon tres grupos de comparecientes. El primero estuvo compuesto por los funcionarios de policía, seguido de otros de medios de comunicación y por último de políticos. Entre otros, hablaron ante los diputados, Jorge Dezcallar (ex director del CNI) y Alberto Saiz (director del CNI), Agustín Díaz de Mera (Ex director general de la Policía). Los trabajos de la comisión se cerraron en verano, para recuperarse en septiembre. Es entonces cuando comparecen Alfredo Pérez Rubalcaba, José María Aznar o José Luis Rodríguez Zapatero. El 15 de diciembre se produce una de las comparecencias más sonadas, la de Pilar Manjón. Entre críticas a políticos, jueces y medios de comunicación, pide que se cierre la Comisión. Finalmente así se hace, pese a que aún quedaban muchos cabos por atar.