La fase pericial comenzó en la trigésimo quinta sesión y también sirvió para poner de manifiesto numerosas contradicciones, pero también negligencias o fallos cometidos por los peritos policiales. Así ocurrió con la declaración de uno de ellos, que ya había declarado anteriormente junto al inspector al que Díaz de Mera achacó la falsificación del informe sobre ETA y el 11-M.
Esta funcionaria policial reconoció en sede judicial que habían cometido un error sobre el ADN de alguno de los implicados en la masacre, del cual no se habían percatado hasta ese momento. "¿Ustedes pusieron de manifiesto ese error?", preguntó una de las abogadas. "Pues no, porque nos hemos dado cuenta de ello ahora", contestó. También incurrió en una contradicción sobre el permiso de conducir de Jamal Ahmidan, "El Chino", encontrado en Leganés. En su intervención anterior, junto a Cabanillas, la perito afirmó que ese carné era auténtico aunque, lógicamente, se encontró en mal estado, "parcialmente destruido". Sin embargo, en su segunda declaración sostuvo que el documento es falso. El letrado puso de manifiesto la contradicción y la perito terminó diciendo que todo pudo deberse a un error suyo, pero que lo cierto es que era falso. "El soporte en sí es auténtico, los datos son falsos".
La primera declaración, junto a Cabanillas, también dejó constancia de multitud de datos imprecisos o contradictorios que figuran en el informe que remitieron al juez Del Olmo. Los funcionarios quisieron dejar claro que simplemente se limitaron a realizar una recopilación de los datos facilitados por la Policía. Así, preguntados por el letrado Abascal cómo llegaron a la conclusión de que el explosivo de Mocejón y el utilizado en los trenes era el mismo, los peritos contestaron que se limitaron a reflejar el informe de los Tedax. Cabanillas comenzó su declaración por la mañana. Era esperada al tratarse de la persona que falsificó el informe sobre ETA y el 11-M, según Díaz de Mera.
Con esta prueba, dijo el agente, se llegó a la conclusión de que "no hay relación" entre los presos etarras y los presos islamistas más allá "del compañerismo propio". Cabanillas reconoció que encontraron a varios internos islámicos ejemplares del diario que utiliza ETA como altavoz, el Gara. La explicación que le dieron los presos es que lo usaban "como mantel". Su declaración se centró en exculpar a la banda terrorista aunque admitió que sus conocimientos sobre ella "son muy limitados".
Periciales, por Luis del Pino