Fue canterano del Espanyol y al no tener oportunidades decidió marcharse al Barcelona B donde siguió marcando goles. Posteriormente se marchó al Red Bull Salzburgo y allí marcó un total de 172 tantos en seis temporadas. Eso sí, Jonathan Soriano no se considera canterano del Barcelona porque, como él mismo reconoce en una entrevista para Perico que Vola, llegó al filial azulgrana con dos hijos.
"¿Yo? pero si llegué al B ya con dos hijos", comentó Soriano cuando le comentaron qué opinaba él de algunos asuntos como canterano culé. "Una cosa es los que salgan y otros los que se mantengan. Ahora es lo que tocaba, tirar del B. Creo que algunos de los que están jugando ahora no estarán en el futuro, ya sea por nivel o por la situación. Que aprovechen para irse a otro equipo. El filial del Barça es un mostrador", comentó posteriormente sobre las oportunidades de los chicos de la Masía.
Soriano, que dejó el mayor titular de la entrevista con esa respuesta sobre sus hijos, también habló de ese cambio de vida al pasar del filial del Espanyol al equipo B del Barcelona: "Fue una de las decisiones más duras. Era jugador del Espanyol y mi último derbi lo juego como capitán en el Camp Nou en un partido de Copa. Acaba mi contrato y me quedo sin equipo. A mediados de julio me llega la opción de ir a un filial, era como volver a empezar. Sabía que el Espanyol me iba a odiar, pero quería dar el paso".
Jonathan acabó su carrera en China, Arabia Saudí y finalmente en España, donde acabó jugando en Girona y Castellón.