El enfrentamiento entre Roger Federer y Rafael Nadal es considerado por muchos como la mayor rivalidad de la historia del tenis. Ambos jugadores han disputado 30 partidos, de los cuales el español ha ganado 20. Sin embargo, en pista dura, su duelo no puede ser más igualado, ya que cada uno de ellos ha salido vencedor en seis ocasiones.
Rafa Nadal ha ganado los dos partidos de Grand Slam sobre pista dura que ha jugado contra Federer. En 2009, el balear venció al suizo en la final del Open de Australia por 7-5, 3-6, 7-6, 3-6, 6-2. Tras perder la final, el de Basilea reconoció que ésta fue la derrota más dura de su carrera deportiva. En 2012, el mallorquín volvió a ganar a Federer en Australia, pero esta vez ambos jugadores se cruzaron en las semifinales del primer Grand Slam del año. Nadal se impuso en cuatro sets 6-7, 6-2, 7-6, 6-4.
No obstante, en cuanto a sus enfrentamientos en torneos de Masters 1000, el suizo ha ganado seis de los nueve partidos que ha disputado contra Nadal. Ambos tenistas, que no se han enfrentado nunca en el Masters 1000 de Cincinnati, han jugado en el Masters 1000 de Miami en tres ocasiones. El primer enfrentamiento de esta rivalidad se disputó precisamente en Miami en 2004, cuando Rafa Nadal sorprendió al entonces número uno del mundo al ganarle en dos sets: 6-3, 6-3.
En 2005, ambos jugadores se volvieron a ver las caras en Miami, pero esta vez ganó el suizo, que tuvo que remontar dos sets en contra- 2-6, 6-7, 7-6, 6-3, 6-1. Su último enfrentamiento en el segundo torneo de Masters 1000 de la temporada, se produjo en 2011, cuando el español fue muy superior y acabó ganando el partido por 6-3, 6-2.
Federer y Nadal también han disputado dos partidos en el Masters 1000 de Indian Wells. En 2012, el de Basilea derrotó a Nadal por 6-3, 6-4, lo que sería su última victoria ante el mallorquín hasta el momento. En 2013, el balear se impuso a Federer con facilidad: 6-4, 6-2. El suizo aseguró después del partido que su pobre rendimiento ante su gran rival se debía a una lesión.
La Copa Masters es el único escenario en el que Federer se ha mostrado superior a Nadal. El ganador de 17 Grand Slam ha ganado los cuatro enfrentamientos que ha disputado contra el español. Además, Rafa Nadal ha conseguido ganarle un set al suizo en una sola ocasión. En este torneo, Federer ha logrado sus victorias más contundentes contra Nadal.
En 2007, el de Basilea se impuso al balear por 6-4, 6-1, mientras que en 2011 le derrotó por 6-3, 6-0. La final de la Copa Masters de Londres en 2010, fue el partido más igualado entre ambos, aunque también terminó con victoria para el suizo: 6-3, 3-6, 6-1.