Nada más producirse el atentado del 11-M, los vagones atacados fueron destruidos con una rapidez sorprendente. Sólo uno de los vagones no fue desguazado: el único vagón que había estallado en el tren de Santa Eugenia. El tren completo de Santa Eugenia –compuesto por una unidad de cabecera y otra de cola, cada una de ellas con tres vagones– fue llevado por las vías hasta la estación de clasificación de Renfe en Vicálvaro el mismo 11-M por la noche. Después, se almacenó en unas instalaciones de Tafesa en el madrileño distrito de Villaverde. Allí, se ha podrido durante años hasta que lo descubrió Libertad Digital. Así, pese a que la Ley de Enjuiciamiento Criminal exige que se conserven como prueba de cara al juicio los restos de un atentado, los trenes se achatarraron y escondieron.
Sin embargo, el análisis detallado de la documentación aportada por Renfe y de las hojas de características de los propios vagones revela que, además, durante el proceso de achatarramiento y desguace "desaparecieron" más de 90 toneladas de materiales, cuyo destino se desconoce. Nada de todo eso fue entregado a los peritos encargados de determinar, durante el juicio del 11-M, los explosivos utilizados durante la masacre.
El desguace de los trenes se inició el 12 de marzo, al día siguiente del atentado, y se llevó a cabo en tres lugares distintos: el Taller Central de Reparaciones en Villaverde, la estación de Santa Catalina y la estación de El Pozo. Además, el tren de Santa Eugenia fue llevado a la estación de Vicálvaro-Clasificación.
En cambio, el registro de estos desguaces fue confuso. Se clasificaron las operaciones con los trenes según los lugares en los que se efectuó el desmantelamiento de piezas y las empresas chatarreras a las que se adjudicaron. La identificación de los trenes no se hace por el lugar del atentado, que no aparece por ningún sitio, sino por los números de los coches y por el lugar en el que se efectuó el desguace.
El único foco de explosión que quedó intacto fue el de Santa Eugenia que fue hallado por Libertad Digital en febrero de 2012. El tren completo de Santa Eugenia –compuesto por una unidad de cabecera y otra de cola, cada una de ellas con tres vagones– fue llevado por las vías hasta la estación de clasificación de Renfe en Vicálvaro el mismo 11-M por la noche. Allí, en la estación de clasificación, la unidad de cabecera (que no había sufrido daños) fue separada de la de cola, quedando ésta en esa estación durante seis meses, mientras Cercanías de Renfe pedía presupuesto de reparación a la compañía Remimfer.
El presupuesto fue aceptado por Renfe en agosto de 2004, tras lo cual esa unidad de cola se llevó el día 11/9/2004 a las instalaciones que la compañía Tafesa (perteneciente al mismo grupo de empresas que Remimfer) tiene en el distrito de Villaverde de Madrid.
El Fiscal General del Estado, Eduardo Torres Dulce, instó a la investigación de los restos. Una acción que quedó en un gesto cosmético que no terminó explicando por qué motivo no se puso a disposición de la investigación los restos de aquel foco de explosión. La importancia de este hecho la pone de relevancia el perito Antonio Iglesias en declaraciones a Libertad Digital, al aseverar que de haberse puesto a disposición de la investigación dichos restos, los peritajes de los explosivos hubieran dado como resultado un "diagnóstico mucho más preciso" de lo que estalló en los focos. Un explosivo que, atendiendo a los análisis periciales, no fue Goma 2-Eco, como dice la sentencia.
Artículo publicado en Libertad Digital con motivo del décimo aniversario de los atentados del 11 de marzo de 2004.