Después de los atentados del 11-M, los restos de los trenes fueron desguazados y achatarrados, en lugar de conservarlos como prueba de cara al juicio, como exige la Ley de Enjuiciamiento Criminal.
Sin embargo, el análisis detallado de la documentación aportada por Renfe y de las hojas de características de los propios vagones revela que, además, durante el proceso de achatarramiento y desguace "desaparecieron" más de 90 toneladas de material, cuyo destino se desconoce. Nada de todo eso fue entregado a los peritos encargados de determinar, durante el juicio del 11-M, los explosivos utilizados durante la masacre.
El desguace de los trenes se inició el 12 de marzo, al día siguiente del atentado, y se llevó a cabo en tres lugares distintos: el Taller Central de Reparaciones en Villaverde, la estación de Santa Catalina y la estación de El Pozo. Además, el tren de Santa Eugenia fue llevado a la estación de Vicálvaro-Clasificación.
Según la revista de Renfe "Líneas", la retirada de los trenes, para dejar libres las vías, se produjo así:
Las labores de recuperación del material se iniciaron simultáneamente en los cuatro puntos afectados sobre las 22'30 horas del mismo jueves [11 de marzo]. Las dos unidades 446 de Santa Eugenia fueron retiradas a Vicálvaro-Clasificación para facilitar los trabajos de Mantenimiento de Infraestructura, y sobre las 4'30 horas del 12 de marzo también quedaba expedita la vía en El Pozo. En este último caso, fue preciso segregar el coche del tren de dos pisos, que fue situado en el propio párking de la estación a la espera de ser trasladados los restos por carretera.
A las 12'00 horas del viernes, y tras complejos trabajos, fue apartada en Santa Catalina la unidad que llegó a entrar en la estación de Atocha. El tren que fue afectado por las explosiones de la calle Tellez es el que ha exigido mayores trabajos de intervención, que se prolongaron pasado el mediodía del 14 de marzo: se segregaron los vehículos menos afectados y los demás coches, debido a su estado, fueron troceados sobre la misma vía, trasladándose los restos hasta el taller de Villaverde para su desguace.
A todos ellos se unieron en los trabajos de limpieza y reparación un total de 300 trabajadores de Cercanías y de empresas colaboradoras de la UN, con la finalidad de que el servicio estuviera totalmente preparado y ultimado.
Por otra parte, y en cuanto al posterior desguace de los trenes, en la documentación presentada por Renfe y estudiada por el Tribunal del 11-M, aparece un cuadro que se puede considerar como el resumen de lo ocurrido tras el atentado.
Más información sobre la destrucción de los trenes
No solo desaparecieron las muestras recogidas en los trenes. Tampoco las actas de recogida de esas muestras fueron adjuntadas al sumario. Ni tampoco aparecen las evidencias fotográficas con que esa recogida pudo realizarse.
Esas muestras hubieran debido enviarse al laboratorio de la Policía Científica, que cuenta con costosísimos equipos para determinar los componentes químicos encontrados en los focos de explosión, pero no se enviaron. En lugar de ello, los primeros análisis se realizaron en el laboratorio de la Unidad Central de Tedax, que no cuenta con el mismo equipamiento especializado. Y ni siquiera se adjuntaron al sumario esos análisis realizados por los Tedax. En su lugar, al juez simplemente se le envió un informe genérico, en el que ni siquiera se individualizaban los componentes químicos encontrados.
Los efectos electrónicos recogidos en los trenes fueron reducidos a polvo en una trituradora industrial próxima a Madrid. Cientos de prendas de ropa y efectos personales de las víctimas (que hubieran podido servir para realizar contra-análisis) fueron incinerados en el vertedero de Valdemingómez. Los propios trenes, fueron achatarrados.
Todo ello impidió que se pudiera determinar el explosivo utilizado en los artefactos. Cuando las acusaciones pidieron en el juicio que se realizaran nuevo análisis, la Policía se limitó a entregar un escueto puñado de muestras previamente lavadas con agua y acetona, de cuya procedencia ni siquiera estamos seguros.
Aún así, en los análisis periciales realizados durante el juicio aparecieron componentes químicos que no forman parte de la Goma2-ECO, el explosivo que la versión oficial dice que se utilizó en los atentados. Y pese a todo este despropósito, el tribunal del 11-M dio por buena la explicación oficial y dictaminó que en los trenes de la masacre había estallado Goma2-ECO.