José Antonio Griñán llama incompetente al juez Barreiro por seguir instruyendo su caso cuando ya no es senador. Se suma así, si bien más recatadamente, a las descalificaciones vertidas por el ex presidente Manuel Chaves y el exconsejero Gaspar Zarrías, que le acusaron de ignorante en procesos legislativos, de oportunista, de "justiciero" (como si un juez no debiera serlo) y de estar politizando la instrucción. La crítica de Griñán, que llama incompetente al juez Barreiro, se refiere sobre todo al procedimiento, puesto que considera que al no estar aforado en este momento, el juzgado competente no es ya Supremo, sino el de instrucción número 6 que dirige la sustituya de Mercedes Alaya, Ángeles Núñez Bolaños.
El juez Barreiro en su auto específico sobre José Antonio Griñán había argumentado que el caso presenta "una estructuración compacta" en el que todo está relacionado. Como consecuencia, el instructor Barreiro había investigado hipotéticas conductas prevaricadoras "por las decisiones que tomaron en gran parte como integrantes de un Consejo de Gobierno que aprobaba modificaciones presupuestarias dirigidas a aportar fondos públicos para conceder ayudas/subvenciones ilícitas."
En el caso de que decidieran renunciar al escaño todos los imputados, este Instructor habría estado investigando durante seis meses para la Audiencia de Sevilla, cuyo Tribunal podría perfectamente dejar sin efecto las resoluciones procesales que ha dictado el Instructor y también la Sala de apelación del Tribunal Supremo. Tribunal que, además, quedaría contaminado en un número importante de sus componentes en el caso de que la causa regrese en su día a su conocimiento a través de un recurso de casación. Las disfunciones y las incoherencias resultan, pues, evidentes. Y otro tanto puede decirse del hecho de que la causa se haya estado instruyendo durante cuatro años en un Juzgado de Sevilla sin que la Juez haya podido investigar directamente a la cúpula de la pirámide funcionarial de la Junta de Andalucía por tener la condición de aforados.
O sea, dado que en la fecha del auto, ni Chaves, ni Zarrías ni Viera habían renunciado al fuero, el juez dictaminó que "por las razones de conexidad e inescindibilidad del contenido de la causa, y dada la posible coautoría de un presunto delito de prevaricación,no ha lugar a atribuir la competencia de la instrucción al Juzgado n° 6 de Sevilla con respecto al imputado José Antonio Griñán."
Esto es, precisamente, lo que discute la defensa de Griñán que pide al Tribunal Supremo que anule el auto del instructor del caso de los ERE en el que mantiene la competencia del Alto Tribunal para continuar investigándole pese a haber perdido su condición de aforado, al considerar que la resolución es nula de pleno derecho.
Es más, pide que, en caso de no declarar dicha nulidad, se deje sin efecto la resolución, se dicte otra declarando si la Sala Segunda del Tribunal Supremo mantiene dicha competencia después de haber renunciado a su acta de senador.
Entiende la defensa que la infracción del instructor es "todavía más llamativa" porque para solicitar la no declaración de la competencia investigadora de la Sala de lo Penal la defensa dirigió su postulación a la Sala de Admisión, pero "el instructor se arrogó una competencia orillando cualquier consideración explícita sobre el órgano a quien esta representación había dirigido su petición".