Desde el punto de vista judicial, el caso Planas tuvo su origen el 12 de diciembre de 2014, cuando el Juzgado de Primera Instancia e Instrucción de La Palma del Condado dio cuenta de la imputación de varias personas, entre ellas, el exconsejero de Agricultura de la Junta de Andalucía y hoy ministro del ramo, Luis Planas Puchades. Pero fue la Fiscalía General del Estado la que instó, mediante la formulación de una querella, la imputación del ahora ministro.
A la juez de La Palma del Condado, María de los Ángeles García Santana, la titular del Juzgado que practicaba las diligencias previas, le fue remitida la querella de la Fiscalía General del Estado. Fue precisamente la fiscal jefe de Huelva la que, en un escrito del 31 de octubre de 2014, le transmitió la querella y los expedientes necesarios para su aceptación, cosa que hizo la juez.
A su vez, al entonces fiscal jefe de Huelva, Jesús Jiménez Soria, le llegó la querella de la Fiscalía General del Estado de Alfredo Flores Prada, fiscal delegado de Medio Ambiente de la Fiscalía Provincial de Huelva, que, "por orden", transmite las indicaciones de superiores jerárquicos el 27 de octubre de 2014.
El único querellante, pues, que insta la imputación de las personas, entre las que se encontraba el exconsejero de la Junta de Andalucía y hoy ministro, Luis Planas, fue la Fiscalía General del Estado, en su vertiente de la Fiscalía de Sala Coordinadora de Medio Ambiente y Urbanismo, que formaliza su querella.
La querella iba dirigida contra una serie de agricultores y sociedades agrícolas de la zona y se extendía al "Presidente del extinto Instituto Andaluz de Reforma Agraria (IARA) en el periodo en que tuvieron lugar los hechos a que se refiere esta querella y hasta el momento de su extinción así como la persona de la Consejería de la Junta de Andalucía con competencias en materia de agricultura y que haya asumido posteriormente dichas funciones en el periodo a que se refiere el escrito" y al "Alcalde/s del Ayuntamiento de Almonte, en el periodo de tiempo que abarca la querella".
La juez de La Palma del Condado remitió un oficio a la Junta de Andalucía a la Consejería de la Junta de Andalucía con competencias en materia de agricultura, en Sevilla, "al objeto de que se informe quién era el presidente del extinto Instituto Andaluz de Reforma Agraria (JARA) en el periodo comprendido entre 2009 y 2012 hasta el momento de su extinción, así como quién era la persona de la consejería que haya asumido posteriormente dichas funciones en dicho periodo".
La persona en cuestión, legalmente responsable, resultó ser Luis Planas Puchades, consejero de Agricultura y Medio Ambiente nombrado por José Antonio Griñán.
Tras la admisión a trámite de la querella de la Fiscalía General del Estado, la juez de La Palma del Condado ordenó las diligencias correspondientes tras las cuales consideró decidida la imputación, investigación ahora, del exconsejero Luis Planas.
Y dice en su auto de 12 de mayo de 2017 que
Finalmente, en cuanto a MARÍA ISABEL SALINAS GARCÍA, JUDIT ANDA UGARTE, y LUIS PLANAS PUCHADES como sucesores del presidente del extinto Instituto Andaluz de Reforma Agraria (IARA) y responsables dentro de la Junta de Andalucía de la Consejería con competencias en agricultura, se les atribuye el haber consentido durante el periodo 2009 a 2012 el uso del agua de las parcelas del paraje Matalagrana de las que es titular dicha Consejería con conocimiento de la falta de regularización de los pozos y de la falta de autorización tanto del Ayuntamiento de Almonte como de los agricultores como cesionarios para utilizar el agua de los pozos construidos dentro del plan Almonte-Marismas. Así como de no iniciar trámites de regularización de las explotaciones y de permitir el uso continuado de estos recursos hídricos con conocimiento de la afectación del acuífero 27 y el deterioro subsiguiente del medio natural del Parque de Doñana mediante su reducción injustificada.
La Fiscalía General del Estado considera responsable penal a Planas Puchades, en su calidad de consejero de Agricultura desde 2009 a 2012, por haber permitido la extracción ilegal y sistemática de agua y porque dicha detracción hídrica afectaba de manera grave sobre el espacio protegido de Doñana. Subraya además que las fincas afectadas eran propiedad de la Junta de Andalucía y, en algún caso, del Ayuntamiento de Almonte.
Según la alta Fiscalía,
los hechos antes relatados, en principio, y sin perjuicio de lo que pueda resultar de la posterior instrucción, pudieran ser constitutivos de un delito contra los recursos naturales y el medio ambiente previsto y penado en el Art. 32 AP. 1° como delito continuado del Art. 74.1 del CP IMPUTABLE A CADA UNO DE LOS QUERELLADOS.
Todo lo expuesto por la Fiscalía General del Estado estaba fundamento en el atestado del Servicio de Protección de la Naturaleza de la Guardia Civil y de la Confederación Hidrográfica del Guadalquivir, tanto los sancionadores como los que verificaban la ilegalidad de las extracciones.
El ministro de Agricultra, Luis Planas, ha restado importancia a su situación procesal, que es la de imputado, considerando que él, como consejero de Agricultura y Medio Ambiente de la JUnta de Andalucía, no tenía las competencias necesarias para ser considerado responsable penal del caso. Pero la Fiscalía General del Estado consideró otra cosa.