L D (Agencias) ARENA fue creada ocho meses después de que el FMLN (entonces una guerrilla comunista) lanzara en enero de 1981 la "ofensiva final", que en realidad fue el inicio del recrudecimiento de la guerra civil. Ésta no terminó hasta enero de 1992.
El líder fundador de ARENA fue el militar retirado Roberto D'Aubuisson, a quien la Comisión de la Verdad, que investigó los crímenes políticos de la guerra, vinculó con los clandestinos Escuadrones de la Muerte y con el asesinato, en marzo de 1980, del arzobispo de San Salvador, Óscar Arnulfo Romero.
D'Aubuisson, ya fallecido, y que siempre rechazó tales acusaciones, fue el primer candidato presidencial de ARENA. Se presentó a los comicios de 1984, que fueron ganados por el también desaparecido José Napoleón Duarte, del Partido Demócrata Cristiano (PDC).
El primer gobierno de ARENA sobrevino tras las elecciones presidenciales de marzo de 1989, cuando Alfredo Cristiani obtuvo el triunfo en primera vuelta. Fue Cristiani quien firmó, el 16 de enero de 1992, los Acuerdos de Paz con el FMLN, que dieron por finalizada una contienda que se cobró la vida de más de 75.000 salvadoreños, según organismos humanitarios.
Schafik Nadal, que fue miembro de la comandancia general en sus tiempos guerrilleros, ha manifestado que "el conflicto y los Acuerdos de Paz pusieron fin a un siglo, prácticamente, de dictaduras en El Salvador, durante el cual se gobernó al pueblo con un método de terrorismo de estado".
Referencias a la guerra civil en la campaña electoral
ARENA ha dedicado gran parte de su campaña a advertir a la población de que el FMLN pretende imponer en el país el modelo cubano, y ha recordado algunos hechos violentos que tuvieron lugar durante la guerra, como los secuestros, de los cuales ha responsabilizado a Handal. En respuesta, el FMLN ha recurrido al recuerdo de los asesinatos de monseñor Romero y otras personalidades, que ha atribuido a fuerzas vinculadas con ARENA.
En las primeras elecciones presidenciales (1994) en que participó el FMLN tras la firma de la paz, su candidato, Rubén Zamora, perdió en la segunda vuelta frente al de ARENA, Armando Calderón. Los siguientes comicios, celebrados en 1999, fueron también para ARENA, que ganó en la primera ronda, con Francisco Flores como cabeza de cartel.
El FMLN ganó las elecciones legislativas y municipales del 16 de marzo de 2003, lo que, según Nadal, es un precedente que permite a su partido albergar una "posibilidad real" de triunfo en las presidenciales del próximo 21 de marzo.
El Código Electoral establece que, si ningún candidato logra la mayoría más uno de los votos válidos, debe efectuarse una segunda ronda entre los dos candidatos más votados. Ésta tendría lugar el próximo 2 de mayo.
Un total de 3,4 millones de salvadoreños han sido convocados por el Tribunal Supremo Electoral (TSE) para elegir al sustituto de Francisco Flores. El mandato del vencedor comenzará el 1 de junio.