En una carta enviada al Consejo General del Poder Judicial, Gómez Benítez dimite como miembro de la Comisión de Calificación por el "intercambio de cromos" que practican la progresista Margarita Robles (Jueces para la Democracia) y Manuel Almenar (Asociación para la Magistratura) a la hora de elegir jueces. "No quiero seguir siendo una lavadora del Consejo", dice Gómez Benítez a El País.
En la carta de dimisión, el vocal pide el cese de toda la comisión y manifiesta su "desacuerdo con el sistema de nombramientos" "impuesta por algunos vocales ajenos" a la comisión "procedentes de las dos asociaciones más representadas en el Consejo". Gómez Benítez ha exigido también el relevo de los otros cuatro consejeros.
Según El País, lo que ha desencadenado la dimisión ha sido el nombramiento de Rafael Gimeno-Bayón para la Sala de lo Civil del Supremo por el turno de juristas de reconocido prestigio. La comisión había propuesto una terna formada por Carlos Lasarte, Juan Roca Guillamón y Rafael Izquierdo Tolsada y descartaron a Gimeno-Bayón, juez en excedencia que perteneció a JpD y fue amigo de Margarita Robles.
Gómez Benítez fue el abogado elegido por el Gobierno para negociar con ETA durante la última falsa tregua, según consta en las actas redactadas por la banda. Era el responsable por parte del Estado de las conversaciones del 27 de octubre de 2006 en las que en la que esgrimió ante ETA lo ocurrido en el bar Faisán. El juez tiene una estrecha relación con Garzón, del que fue abogado.