L D ( EFE ) Sus comienzos como aficionado estuvieron ligados a la prueba del Girini, que alumbra a las figuras del ciclismo italiano. En 1990 quedó tercero y en los dos años siguientes repitió podio, mejorando en ambos. Fue segundo en el 91 y logró imponerse en la Clasificación General Final Absoluta en el 92. Esta proyección le sirvió para ser contratado por el equipo Carrera con el que se inicia como profesional en el GP Camaiore.
En 1994 se produce su lanzamiento internacional. Ganó dos etapas en el Giro de Italia (décimocuarta y décimoquinta etapas con finales en Merano y Aprica respectivamente) y se presentó como una alternativa de futuro frente a figuras como Induráin o Bugno. En la Clasificación Final del Giro 94 quedó segundo en la General. Fue uno de los pocos corredores que en la temporada 1994 acudió al Giro y al Tour, por las pocas fechas que separan ambas pruebas, pero al igual que al español, Miguel Induráin, el Giro le sirvió de proyección y preparación.
En el Tour 1994, que gana Induráin, acabó tercero y se lleva el Premio al Mejor Ciclista Joven que acude al Tour, en su caso, por primera vez. Pantani, como corredor menor de 25 años, fue premiado en el Giro y en el Tour. En 1995 comenzó ganando una etapa en la Vuelta a Suiza, una etapa del Giro y dos en el Tour (Alpe D´Huez y Guzet Neige) y quedó tercero en el Campeonato del Mundo, pero ese año sufrió el accidente más grave de su carrera deportiva. Fue el 18 de octubre, al ser arrollado, junto a otros dos corredores, por un coche que circulaba en dirección contraria, durante el descenso de Pino Torinese, camino de Turín. Ese año es el gran ausente del Giro. Operado de fractura de tibia y peroné, permaneció de baja por espacio de varios meses.
En enero de 1996, ya en la fase final de su recuperación, se anunció su regreso en el mes de marzo, una vez que se le retiraron las fijaciones de acero de su pierna. Volvió a la competición el 3 de agosto en el Criterium italiano de Cepagati. Ese año dejó el equipo Carrera para pasar a las filas del Mercatone Uno. En 1997 acaba tercero en el Tour de Francia, ganando dos etapas (Alpe D´Huez y Morzine), así como la Classic Rominger y el GP de Pijnackery, de Holanda. El 98 se convirtió en su gran año, sobre todo cuando se le creía acabado tras el grave accidente de 1995, que le había tenido inactivo durante varios meses. Su fuerza física y mental le llevaron a alcanzar un prestigio en Italia que se refrendaría con la victoria en el Giro del 98, tanto en la Clasificación General Final, como en el Premio de la Montaña, además de dos victorias parciales.
Ese mismo año se adjudicó la victoria en el Tour de Francia, con otras dos victorias de etapa, un éxito al que no pudo empañar la gran conmoción que vivió la carrera con la expulsión del Equipo Festina y la retirada de los equipos españoles. El doping y los medicamentos estimulantes marcaron la competición, pero no el éxito de Pantani. Durante el 98 también se anotó una etapa de la Vuelta a Murcia y el Critérium de Bolonia. Además participa en el IX Critérium de la Comunidad Valenciana, como despedida a su compatriota, Gianni Bugno y vence en el Circuito de La Aulne.
En los inicios de 1999, Pantani se impuso en la Vuelta a Murcia, con la victoria de la cuarta etapa, y en otra de la Semana Catalana, que acabaría abandonando tras una caída en el final de la 3ª etapa con llegada en Hospitalet de Llobregat. La polémica apareció con su positivo en el control de hematocrito en el Giro 99 tras haber ganado en cuatro etapas (octava, décimoquinta, décimonovena y vigésima) y que llevó a la UCI a expulsar al “Pirata” de la competición. Dio un 52 por ciento de hematocrito en sangre cuando lo permitido es un 50 por ciento. Este positivo le llevó por la calle de la amargura en los siguientes meses. Dice no al Tour al tiempo que niega haber tomado ninguna sustancia ilegal. Del mismo modo renunció a la Vuelta Ciclista a España y a los Campeonatos del Mundo de Verona.
Todas las pruebas posteriores realizadas al “Pirata”con el fin de negar su culpabilidad en el positivo del Giro 99 han dado igualmente positivo. Incluso se le realizó una de ADN, surgida a raíz de las primeras, que pretendía confirmar el alto porcentaje de hematocrito en sangre registrado por los médicos que le atendieron tras su accidente en 1995, resultando también ésta positiva. Por ello se anuncia que será acusado y procesado en su país por un supuesto delito de “fraude deportivo”. Los médicos observaron en aquella ocasión un nivel de hematocrito en sangre del 60,1 por ciento, valor muy superior al permitido por la UCI y que se considera delito en Italia.
Desde aquel momento, Pantani nunca volvió a ser el mismo. Pasó varios meses cayendo en etapas de depresión, ingresando incluso en una clínica para intentar recuperarse. Aunque en algunos momentos pareció ya curado, el escándalo del dopaje nunca lo llegó a dejar.