Moraleda rectificó después y admitió que la visita había sido concertada con el anterior Papa, Juan Pablo II. El cardenal y arzobispo de Toledo, monseñor Antonio Cañizares Llovera intervino en la polémica para recordar al Ejecutivo que fue el Episcopado quien tomó la iniciativa de invitar al Papa Benedicto XVI a visitar Valencia con motivo de la celebración del V Encuentro Mundial de las Familias. "La verdad es que quien tuvo la iniciativa fue la Conferencia Episcopal Española y el obispo de Valencia secundó esta invitación. A continuación lo hicieron su Majestades los Reyes de España, el señor presidente de Gobierno y el presidente de la Comunidad Autónoma de Valencia", precisó monseñor Cañizares.
Desde abril se constituyó un grupo de trabajo compuesto por el Gobierno central y la Generalidad Valenciana para preparar la visita del Papa. Poco después, el presidente de la Generalidad valenciana, Francisco Camps, dijo que "lo importante" del EMF será "la huella" que dejará el Papa Benedicto XVI y "no la fotografía" que el jefe del Ejecutivo pueda hacerse con el Pontífice. "No está mal que el presidente se fotografíe con el Papa", opinó Camps, quien, sin embargo, agregó durante su intervención en los Desayunos Informativos de Europa Press que la presencia de Su Santidad tiene "tanta potencia y proyección" que lo que "realmente importa" será "esa huella" que dejará Benedicto XVI y "no una fotografía o un titular efímero".
Hasta el mes de mayo no se confirmó el programa, que incluía una entrevista del Papa con Zapatero y con el presidente del PP, Mariano Rajoy. Con el primero será el sábado por la tarde durante 15 ó 20 minutos en la sede arzobispal de Valencia, mientras que el líder de la Oposición conversará con el Pontífice el domingo después de la misa que oficie en el EMF.
El pasado 15 de junio, la fundación organizadora del EMF calificó de "intromisión intolerable" la "pretensión de la Presidencia de Gobierno de querer acreditar unilateralmente a los informadores que soliciten cubrir los actos previstos con el Papa" en los que participen los Reyes o el jefe del Ejecutivo. La fundación dijo que había ofrecido a Presidencia una acreditación conjunta, "pero se negaron a aceptar esta propuesta, se han negado a estudiar otras alternativas de colaboración en la acreditación a informadores, y ahora toman esta decisión sin contar con la organización".
En último término, surgieron críticas a los gastos del viaje papal a Valencia. El secretario del Bloc en Valencia, Joan Mansanet, censuró la inversión que se realizará por parte de las instituciones públicas en la organización del EMF en Valencia y señaló que "20 millones de euros darían numerosas soluciones a muchos de los problemas que hoy en día sufren los ciudadanos de Valencia".
El dirigente nacionalista exigió, en un comunicado, que "se replanteen las inversiones", ya que, dijo, "no tienen ningún tipo de sentido para un acontecimiento efímero como el que se está organizando". Para Mansanet, el dato "pone de relieve la confusión total que practica el Partido Popular entre la Iglesia y las instituciones valencianas" y recordó a Camps y a la alcaldesa de Valencia, Rita Barberá, que viven "en un estado aconfesional".
El vicepresidente del Consejo, Víctor Campos, insistió en que el Gobierno valenciano hará "lo que haga falta" para que la celebración del evento sea un "éxito" y subrayó que el presupuesto final del evento no se puede conocer todavía. "Cuando esté todo concluido, se dará cuenta de hasta el último euro, con orgullo y con la cara bien alta", concluyó.