La fiscal de la Audiencia Nacional Olga Sánchez pidió al tribunal que condene al confidente de la Guardia Civil Rafa Zouhier a 38.958 años de cárcel, en vez de los 20 que solicitaba en su escrito de calificaciones provisionales.
En cambio, en sus conclusiones definitivas rebaja su petición de pena para Basel Ghalyoun de 38.654 a 12 años de prisión.
El Ministerio Público acusa a otro de los procesados como autor material. Se trata de Othman El Gnaoui, que pasa de los 24 años solicitados en un inicio a un total de 38.962, al añadírsele también los 191 asesinatos y 1841 en grado de tentativa, así como cuatro estragos.
Los demás presuntos autores materiales e intelectuales de los atentados han visto aumentada su pena en 306 años de cárcel más, ya que la Fiscalía considera que el número real de heridos en la masacre es de 1841 y no de 1824 como decía inicialmente.
Los que sí han resultado beneficiados por la calificación final de la Fiscalía son Javier González, "el Dinamita", y Brahim Moussaten, uno de los sobrinos del presunto ideólogo Youssef Belhadj, ya que a ambos se les ha retirado la acusación que pesaba sobre ellos.
En cuanto a Iván Granados, Sergio Álvarez y Antonio Iván Reis, la Fiscalía fija su petición de pena en cuatro años de cárcel por un delito de asociación ilícita y otro de suministro de explosivos. Inicialmente pedía para ellos 8 años.
Por su parte, Carmen Toro ha visto aumentada su petición de pena a 6 años, al añadir a los 4 años iniciales por suministro de sustancias explosivas otros 2 por asociación ilícita.
Retiró de su acusación definitiva las penas que solicitaba por la explosión del piso de Leganés (Madrid) en el caso de los considerados autores intelectuales de los atentados del 11-M.
No obstante, en sus conclusiones definitivas, la mantiene para los tres principales acusados asturianos, al entender que proporcionaron la dinamita que provocó las explosiones de los trenes y la que mató al GEO Francisco Javier Torronteras, y del procesado que actuó de enlace entre la célula terrorista y Mina Conchita, Rafa Zouhier.
La acusación solicita un total de 391.464 años de cárcel para los 28 acusados para los que mantiene la acusación, tras retirarla para Brahim Moussaten. La cifra definitiva de heridos contabilizados por esta asociación es de 1.841 frente a los 1.824 que consideraba afectados al principio del juicio.
Por su parte, los acusados Raúl González Pelaéz, Iván Granados Peña, Javier González, Sergio Álvarez y Antonio Iván Reis han visto reducida la petición de pena de esta asociación contra ellos de 22 años de cárcel a 8, al serles retirada la petición por un delito de colaboración con organización terrorista y rebajárseles la pena por suministro, tráfico o transporte de explosivos.
El vigilante de Mina Conchita, Emilio Llano, sufre también una merma en los años de prisión que la asociación solicita en su caso al considerar los letrados que no formaba parte del grupo delictivo de Suárez Trashorras.
La asociación Ayuda a las Víctimas del 11-M ha retirado en su petición definitiva de penas los delitos de asesinato terrorista, asesinato en grado de tentativa y estragos de los que acusaba a Basel Ghalyoun al cambiar la declaración el testigo protegido que le acusaba.
El aumento mayor de penas solicitado por esta asociación es el relativo a Antonio Toro que pasa de los 23 años solicitados por colaboración, suministro y asociación ilícita a ser acusado también de 192 asesinatos y 1.867 en grado de tentativa, 5 delitos de estragos y 2 abortos por los que en total piden 39.505.
En cuanto al ex minero José Emilio Suárez Trashorras para el que se pedían un total de 402 años, ahora se le acusa de todas las muertes y heridos ocurridos tanto en los trenes de cercanías como en Leganés así como de dos delitos de aborto.
Ayuda a las Víctimas considera acreditada la utilización en los trenes de Goma 2 ECO y Titadyne. La Goma 2 ECO demuestra la participación de la trama asturiana mientras que la dinamita Titadyne apunta hacia lo que en su escrito de conclusiones provisionales llamaba "cuarta trama".
La Asociación Víctimas del Terrorismo (AVT) defiende en su escrito definitivo de penas solicitados a los acusados por su relación con el 11-M una posible autoría de la banda terrorista ETA de los atentados del 11 de marzo de 2004 en Madrid y destaca que "no renuncia a continuar la investigación hasta llegar a conocer quienes fueron las personas que estuvieron implicadas en la ideación y ejecución de los atentados".
Afirma que en juicio no ha quedado acreditado que la comisión de los atentados tuviera lugar por el designio de ninguna organización terrorista fuera cual fuera su orientación. "Lo que si se ha acreditado es que gran parte de los imputados eran personas que de una u otra forma estaban colaborando con diferentes fuerzas policiales".
Agrega que el atentado no se produjo "como consecuencia de la decisión legítima del Gobierno" de participar en la guerra de Irak, sino que fue ideada "desde que España dentro de su lucha contra el terrorismo de cualquier signo", detuvo a significados representantes de Al Qaeda como Iman Eddin Barakat Yarkas, "Abú Dahdah".
En su escrito solicita que se depuren las responsabilidades en las que pudieran haber incurrido los responsables de la investigación "que por dejadez o desidia" hubieran propiciado los atentados.