El aviso de bomba tuvo lugar a las 10:20 horas, cuando un comunicante, que dijo hablar en nombre de la organización terrorista ETA, llamó al centro de coordinación de emergencias SOS Deiak para alertar de la colocación de tres bombas en la línea férrea guipuzcoana, entre Irun y Zumarraga, aunque no precisó a qué hora explotarían.
Distintas patrullas de la Ertzaintza y agentes de la Unidad de Desactivación de Explosivos de la Policía vasca recorrieron las numerosas estaciones y apeaderos, así como la vía de tren entre Zumarraga e Irun, localidades que se encuentran a unos 76 kilómetros, y no encontraron ningún artefacto explosivo.
La interrupción del tráfico ferroviario se prolongó desde las 11:45 hasta las 14:20 horas, pero según fueron avanzando las tareas policiales de inspección, a la una del mediodía se abrió la línea Irun-San Sebastián, a las 13:45 el tramo San Sebastián-Tolosa, y finalmente toda la línea sobre la que pesaba esta amenaza.
El cierre de la vía en ambos sentidos durante más de dos horas y media ha afectado a 15 trenes de cercanías y a 6 de larga distancia, en los que viajaban unos 3.000 viajeros, aunque los que se desplazaban en los de largo recorrido han sido transbordados en autobús.