Como desvela El Mundo Antonio Rubio fue denunciado en 2007 por Abdelkader Farssaoui, Cartagena, por publicar informaciones en 2005 en las que desvelaba que era confidente del CNI; y que facilitó el seguimiento de El Tunecino.
Farssaoui acusó a Rubio de desvelar su condición de testigo protegido, lo cual quedó desmentido gracias a la documentación aportada por el director del diario. Antonio Rubio demostró que la identidad real de Cartagena ya fue difundida por otros medios de comunciación, como Canal Sur, mucho antes de su publicación en El Mundo. Además, se ha comprobado que él mismo la utilizaba de manera habitual.
Por otro lado, también se presentó un auto de la Audiencia Nacional de 2006 en la que se renueva la condición de testigo protegido concedida por el Ministerio del Interior, que el abogado de Farssaoui ha utilizado este auto para, a la desesperada, interponer una nueva denuncia contra Rubio. Esta vez, le acusa de revelación de secretos. Pero tampoco esta artimaña funciona, y la justicia vuelve a dar la razón a Rubio cuando se niega a desvelar la identidad de sus fuentes, acogiéndose al secreto profesional.
La denuncia quedó archivada, ya que los magistrados entendieron que conforme a la Constitución y al Tribunal Europeo de los Derechos Humanos, Rubio estaba completamente amparado para acogerse a este derecho fundamental del periodista. Pero el abogado de Farssaoui recurre por tercera vez, esta vez ante la Audiencia Provincial.
Por lo tanto se reabre la causa para conocer quién le entregó al subdirector de El Mundo el auto que renovaba a Cartagena como testigo protegido, aduciendo que Rubio publicó las informaciones en El Mundo antes de la fecha del auto, 6 de Octubre. Si eso fuera cierto, Rubio quedaría excluido del "privilegio" del secreto profesional. Pero no es cierto. Y la misma Sala lo sabe, porque se contradice unas líneas más arriba, cuando afirma que todos los artículos sobre Cartagena que firmó el periodista son anteriores al 6 de Octubre de 2006.
A pesar de ello, el juez vuelve a preguntarle a Antonio Rubio quién era su fuente, a lo que él se volvió a negar, detallando exclusivamente que eran "fuentes judiciales". El magistrado, sanciona a Antonio Rubio con 1.000 euros , vulnerando así lo establecido por la Carta Magna española, el Tribunal Europeo de Derechos Humanos y toda la jurisprudencia de los países occidentales existente. Una violación directa de una de las más importantes libertades fundamentales , la de expresión e información.