Josu Ternera será juzgado por hechos ocurridos entre los años 2002 y 2005, periodo en el que se detectó su rastro en pisos utilizados por otros etarras. La Fiscalía le acusa de haber participado en un grupo "con vistas a la preparación de actos terroristas". Ese mismo cargo pesa sobre su hijo Egoitz, de nacionalidad francesa, inculpado por hechos ocurridos entre marzo y mayo de 2005.
Entre otras pruebas en su contra, la policía halló su ADN en una toalla que había sido utilizada también por José Manuel Ugartemendia Isasa, detenido ese mismo año junto al considerado entonces como uno de los jefes de ETA, Pedro Esquisabel, "Xerpa". El proceso de este jueves está vinculado con otro contra Ugartemendia y Esquisabel pendiente de celebración en el Tribunal de lo Criminal de París.
Josu Ternera está en paradero desconocido desde el 14 de noviembre de 2002, cuando no compareció ante el Tribunal Supremo, que le había citado para comunicarle su imputación como presunto inductor del atentado contra la casa cuartel de la Guardia Civil de Zaragoza, en el que murieron once personas.