Además de las 15 advertencias del ex Interventor General, Manuel Gómez, la Junta conocía con precisión total que el procedimiento utilizado para financiar las ayudas de los ERE y las ayudas a empresas desde la Consejería de Empleo o desde la Consejería de Innovación, Ciencia y Empresa, dificultaban el control de la Junta sobre los fondos públicos utilizados. Precisamente, este es el diagnóstico realizado por el propio imputado Buenaventura Aguilera, ex director general del Presupuestos, en un informe interno.
El exdirector general de Presupuestos de la Junta entre 2009 y 2012 no quiso contestar a las preguntas de la juez Mercedes Alaya sobre el particular y se acogió a su derecho a no declarar. Probablemente, su opción por el silencio tiene que ver con alguno de los informes que firmó cuando trabajaba para la antigua Consejería de Economía y Hacienda.
Su elocuencia queda reflejada en el documento del 15 de junio de 2009 que lleva su rúbrica y en que informa ABC que Aguilera cuestionó el procedimiento utilizado para financiar las ayudas de los ERE y las inversiones de la empresa pública de capital riesgo Invercaria, investigada por malversación de fondos públicos.
Este informe fue firmado por el imputado más de un año y medio antes de que salieran a la luz las primeras prejubilaciones trucadas,. Y en él ya reconoce en el citado informe de 2009 que las transferencias de financiación generan "problemas" de "control" en el uso de los fondos públicos.
Sin embargo, a pesar de estas objeciones y reparos, el Gobierno andaluz mantuvo el mecanismo de pago que ha estado utilizando durante años para dar dinero a sus empresas "amigas" y organismos. De hecho, el Ejecutivo sigue empleando hoy día este mismo procedimiento en su sector público.
En el informe de tres páginas titulado «Instrucción Nº1/2009, de 15 de junio, de la Dirección General de Presupuestos, Buenaventura Aguilera argumenta, en referencia a las transferencias y subvenciones de explotación y capital, que «ofrece una imagen distorsionada de las empresas públicas, ello sin obviar los diversos problemas que se plantean en el ámbito del control de este tipo de actuaciones».
Precisamente este es el mecanismo que denuncia la juez Alaya por favorecer el "saqueo de fondos públicos". También la Fiscalía Anticorrupción y la Guardia Civil sostienen que el "uso perverso" y sistemático que la Junta hizo de las transferencias de financiación está en el origen del fraude.