El Plan de Inspección de Cuentas 2012 fue aprobado por Resolución de la Dirección General de Tesorería y Deuda Pública de la Junta de Andalucía el 14 de septiembre de 2012. Se proponía inspeccionar un total de 406 cuentas cuyo desglose por delegaciones y tipos se muestra en los cuadros 13.2. y 13.3. Pues bien de su estudio se desprendió que diferentes incidencias aparecían en un total de 135 cuentas, un 33% de las cuentas inspeccionadas. Esto es, una de cada tres cuentas inspeccionadas presentaban irregularidades de diverso tipo. Las cuentas situadas en Sevilla y Málaga superaban el 60 por ciento de incidencias.
A cargo de la Dirección General de Tesorería y Deuda Pública hay 63 cuentas autorizadas de las que 29 tienen incidencias. En Almería y Cádiz hay 44 con 20 y 9 incidencias respectivamente. En Córdoba 40, con 3 incidencias; en Granada 42 con 1; en Huelva 45 con 20, en Jaén 40 con 1. En Málaga hay 41 cuentas y en Sevilla 47, en ambos casos con 26 irregularidades cada provincia.
Según la Cámara de Cuentas seis cuentas no figuraban inscritas en el Registro (5 cuentas para gastos de funcionamiento de DDPP de Almería, Cádiz, y Sevilla y una cuenta restringida de ingresos de la DP de Granada).
Respecto a la liquidación de los intereses de las cuentas, se detectaron dos tipo de irregularidades. Unasa hacían referencia a los tipos aplicados, y a las fechas contable y valor y números comerciales, en su mayoría subsanadas.
Pero hay otras que indican que no se ha efectuado el correspondiente traspaso de tales intereses a la cuenta de la Dirección General de Tesorería. En las cuentas restringidas de ingresos que tiene la Junta, presentan incidencias todas las provincias salvo Jaén.
La Inspección de la Intervención General de la Junta emitió 8 actas de control con opinión desfavorable porque la gestión realizada incumplía en aspectos fundamentales la normativa que le es de aplicación. Dichas actas corresponden a cuentas de gastos del Plan Andaluz de Investigación, de la Consejería de Educación, de la Delegación Provincial del Servicio Andaluz de Salud de Cádiz, de la Consejería de Igualdad y Bienestar Social de Cádiz, de la Residencia de Mayores de Algeciras, de la Consejería de Igualdad y Bienestar Social de Córdoba, de la Consejería de Igualdad y Bienestar Social de Huelva y de la DP de Empleo de Sevilla. Incluso se denuncia que la Intervención Provincial que realiza el control no tuvo acceso a información contable (documentos contables) en el Sistema Júpiter de la Junta.