Sostienen que algunos antiguos dirigentes, menos conocidos por la opinión pública, son los actuales cerebros de la organización etarra. Sin embargo, las Fuerzas y Cuerpos de la Seguridad del Estado se encuentran con el problema de poder demostrar esta tesis, ya que no existe ningún contacto directo entre esos dirigentes y los comandos operativos de ETA.
Algunos mandos de la lucha antiterrorista han explicado a este periódico que, tras dar por finalizada la tregua, ETA no sólo modificó cualitativa y cuantitativamente la composición de sus comandos y su modus operandi, sino que aprovechó el año largo de inactividad violenta para cambiar su estructura en la dirección. Antes de romper esa tregua, la organización etarra estaba dirigida fundamentalmente por Mikel Albizu, Mikel Antza, e Ignacio de Gracia Arregi, Iñaki de Rentería.
Tras la decisión de ETA de romper sus contactos con el Gobierno y con los partidos nacionalistas, y de volver a la violencia, su cúpula cambió de manera radical. Los antes citados dejaron de tener capacidad decisoria y pasaron a un segundo plano. De hecho, cuando Iñaki de Rentería, que había sido el número uno de ETA antes de la tregua, fue detenido, ya no tenía ninguna función en el entramado etarra, pese a que aún pertenecía a él y seguía percibiendo un dinero mensual para sus gastos.
Ahora, esos nuevos dirigentes no mantienen contacto personal con miembros de ETA, sino que conectan con el segundo escalón de mando etarra a través de Internet, por correo electrónico, técnica que está utilizando ETA desde hace bastante tiempo.