La fiscal Viviana Fein sugirió pocas horas después del hallazgo de su cadáver, que podía tratarse de un suicidio. Sin embargo, las fuentes consultadas por el diario argentino Clarín señalaron como principal argumento para descartar un suicidio la trayectoria ascendente de la bala que ingresó a la cabeza de Nisman y provocó su muerte. Ese recorrido de la bala no coincidiría con los parámetros que se dan en los casos de suicidio. Fein se refirió al caso como "muerte dudosa", pero en algún momento deberá exponer una hipótesis de lo ocurrido y definir si pudo haber sido un suicidio –voluntario o inducido– o si directamente se trató de un homicidio.
Las fuentes judiciales consultadas por Clarín habrían descartado la hipótesis del suicidio voluntario, por la concurrencia de elementos "no habituales", como la trayectoria ascendente del balazo, el hecho de que el arma no estuviera pegada a la cabeza de la víctima, sino a una distancia de entre uno y tres centímetros, y la ausencia de pólvora en las muestras tomadas de la mano derecha del fiscal que investigaba el atentado contra la sede de Asociación Mutual Israelita Argentina (AMIA).
Un juez penal que conocía personalmente a Nisman denunció que "son situaciones no habituales para supuestos casos de suicidio" y señaló además aspectos de la personalidad de Nisman que no inclinarían la balanza hacia el suicidio voluntario: "Quien diga que flaqueó porque era floja su denuncia es no haberlo conocido a él. Un suicidio sería incompatible con su forma de pensar. Era muy seguro de sí mismo".
Otros motivos que hacen dudar del suicidio voluntario incluyen el calibre del arma –no del todo segura para alguien que se quiere suicidar–, la inoperancia de las cámaras de seguridad del edificio donde vivía Nisman o el hecho de que trabajase hasta el último momento con la presentación que haría en el Congreso. Además, la puerta de servicio estaba abierta –siempre permanecía cerrada con llave– y sus vigilantes tardaron en contactar con Nisman unas once horas y no recordaban la clave para acceder por la puerta principal a su vivienda.
Sin embargo, los que se inclinan hacia la hipótesis del suicidio destacan el endurecimiento de los dedos de la mano derecha de Nisman, característico de alguien que se disparó y falleció instantáneamente. Aunque esta prueba no excluye la posibilidad de que alguien obligase a Nisman a suicidarse.
"A nosotros nos avisaron a la medianoche. Qué pasó antes, no lo sé", explicó una fuente judicial que participó del procedimiento en el departamento de Nisman la madrugada del domingo 18 de enero. Con la Justicia y la Policía presentes, se tomaron las muestras de la escena del crimen y cerca de las cinco de la mañana se llevó el cadáver para la correspondiente autopsia, que se grabó, al igual que el procedimiento en su casa.