Desde luego, si hay una razón por la que los pendrive son una importante vía de propagación de virus es, precisamente, el empeño de Windows en autoejecutar cualquier cosa que el usuario pinche.
En cualquier caso, no es complicado de desactivar el autoarranque (aunque casi nadie lo desactiva porque hay que saber buscarlo, hay que buscarlo y hay que ponerlo en práctica, y eso es excesivo para muchos). Se describe, por ejemplo, aquí:
[http://www.tranquilidadtecnologica.com/2006/10/desactivar-autorun-para-todas-las.html]
Por último, si se tiene un buen antivirus, bien actualizado, no hay por qué temer gran cosa de los pendrives. Sobre todo teniendo en cuenta que la propagación es infinitamente más lenta que por internet (ya que requiere interacción humana).
Un saludo.
La vía de los virus es usar Windows.
Si usaran GNU/Linux (Ubuntu, Mandriva, OpenSuse, Fedora, ... hay donde elegir) pues no pasaría nada por usar el pen-drive en cualquier ordenador, y además borrando el autorun.inf se evita infectar a los demás.
Además con GNU/Linux se incluye en la instalación el OpenOffice, Firefox, Gimp (como Photoshop), y miles de programas a dos clics de ratón (Sistema - Administración - Gestor de paquetes y elegir el programa que gustes): Emesene (como MSN), Thunderbird (correo), Rhythmbox como gestor de música (compatible con iPod), k9copy para tus copias privadas de películas de DVD, juegos (para pequeños con Gcompris o Childsplay, SuperTux (como el Mario), Armagetron (con motos futuristas), Njam (comecocos incluso para 2 jugadores), Pysol con miles de solitarios de cartas, Sudokus, buscaminas, ...
Y todo sin necesitar tener ni idea de ordenadores. Todo legal y sin piratear.