En su sentencia, la sección primera de la Sala de lo Penal considera probado que Múgica, como jefa de los comandos de ETA, fue la que entregó en Perpignan (Francia) a los autores del atentado -Eider Pérez y Aitor Olaizola, ya condenados por estos hechos-, el coche-bomba cargado de explosivos y con las matrículas dobladas, que había sido sustraído en Tarbes.
El tribunal sostiene que Múgica, a la que también condena al pago de una indemnización de 300.000 euros para los herederos de Santamaría, intervino tanto en la preparación como en la ejecución del atentado y "determinó la acción, su objeto" y "los medios", por lo que su conducta "trasciende la del mero cooperador necesario".