Juan Carlos Naya debutó en el cine con tan sólo 18 años, en la película de Vicente Escrivá Niñas... Al salón (1977), y dos años después le ofrecieron interpretar uno de los personajes más relevantes de su primera etapa profesional: el del joven Tonet, enamorado de Roseta en la serie La barraca, adaptación para TVE de la famosa novela de Vicente Blasco Ibáñez. Sin embargo, asegura que se siente "un hombre de teatro".
Él ha dado vida a personajes de obras tan ilustres como: El perro del hortelano, Don Juan Tenorio, Los intereses creados, Cyrano de Bergerac, Hamlet, El retrato de Dorian Grey, o La Venganza de Don Mendo.
Uno de sus últimos trabajos teatrales ha sido Orquesta de Señoritas, de Juan Carlos Pérez de la Fuente, que se estrenó en el Teatro Amaya de Madrid en agosto del año pasado, coincidiendo con el 50 aniversario de su estreno en París.
Naya también guarda multitud de recuerdos de su etapa en los medios de comunicación, como colaborador del programa País de Locos, junto a Reyes Monforte.
Una dilatada carrera de la que aún le queda una espinita clavada "volver a dirigir".