Horas antes de que la exdirectora del Centro Nacional de Inteligencia (CNI) Paz Esteban declare en un juzgado de Barcelona en relación al espionaje a Aragonès se ha filtrado que los servicios de inteligencia intervinieron el teléfono del entonces vicepresidente autonómico por su papel en la coordinación de las acciones violentas de los Comités de Defensa de la República (CDR). Así, el CNI pidió autorización judicial para llevar a cabo el espionaje y argumentó la posibilidad de que Aragonès se ocupara de la dirección en la clandestinidad de los CDR, grupos surgidos durante el golpe de Estado separatista y que fueron alentados por la Generalidad durante la presidencia de Quim Torra, de quien Aragonès era el segundo en el ejecutivo catalán.
Además de con la comparecencia judicial de Paz Esteban, que ya declaró en la comisión de secretos oficiales del Congreso, la filtración coincide con la entrega en el juzgado por parte del Gobierno de toda la documentación desclasificada relativa al conocido como caso Pegasus, nombre del programa informático para acceder al contenido de los teléfonos móviles. El titular del juzgado número 29 de Barcelona, Santiago García, es quien instruye el sumario del espionaje a Aragonès.
En el gobierno de la Generalidad han calificado de "absurda" la excusa del CNI para acceder al teléfono del que entonces era vicepresidente. Sostienen que el perfil institucional de Aragonès es incompatible con la coordinación de los CDR. También aducen que cuando se le intervino el teléfono ERC ya estaba tratando de desligarse de los CDR y de la unilateralidad. En el ejecutivo autonómico subrayan, además, que durante el espionaje a Aragonès, los republicanos negociaban con los socialistas la moción de censura a Mariano Rajoy y posterior investidura de Pedro Sánchez en 2018 y que los servicios de inteligencia habrían tenido acceso a todas las claves de esas conversaciones. El Gobierno aduce que Sánchez, el ministro de Interior, Grande Marlaska o la de Defensa, Margarita Robles, también fueron espiados con el programa Pegasus.