La segunda legislatura de Zapatero al frente del Gobierno trajo consigo la designación de Carmen Chacón como ministra de Defensa. Por primera vez, una mujer se situaba al frente de una de las carteras con más nombre dentro de un Ejecutivo. Y como no, el nombramiento vino rodeado de polémica, no por su condición de mujer, sino porque durante años había agitado la bandera del pacifismo y, como no, también por su avanzado estado de gestación, lo que hizo que, por primera vez en la historia de la joven democracia española, el titular de una cartera ministerial hiciese el uso de su baja por maternidad.
Chacón inició su andadura al frente de Defensa con viajes relámpago a la ex Yugoslavia, Líbano y Afganistán, los tres lugares en los que se encontraban desplazadas las tropas españolas que cumplen misiones internacionales. Unos viajes no exentos de polémica por la cohorte de asesores y médicos con los que la titular del ministerio se desplazó. De hecho, desde ERC llegaron a decir que la ministra ponía en peligro a su hijo "para potenciar el nacionalismo español más rancio".
También se estrenó con alguna polémica con los miembros de su ministerio, al censurar algunas de las páginas web a las que podían acceder desde sus ordenadores, al anunciar la adecuación de los uniformes militares al cuerpo de la mujeres, o por el amplio número de recursos contra la nueva Ley de la Carrera Militar.
Bajo su mandato, el Ejército ha pasado de estar operando en misiones en el exterior en dos continentes (Europa y Asia) a tres, con la llegada de destacamentos españoles a Somalia y Chad, en África. Es más, la creciente presencia de tropas españoles en misiones en el exterior ha hecho que Chacón ya haya anunciado que se eliminará el límite de tres mil soldados en el exterior que existía hasta ahora.
La situación más compleja a la que se enfrentan los soldados españoles se encuentra, sin lugar a dudas, en Afganistán, donde el renacer de los talibanes llevó a la propia Chacón a reconocer a finales de año que están en zona de guerra. Las tropas españolas han sufrido numerosos ataques y emboscadas, que han tenido que repeler usando la fuerza en más de una ocasión. Es más, algunos militares destinados en la zona llegaron a acusar directamente al ministerio de Defensa de ocultar casi todos los ataques que sufren las tropas destinadas en el país asiático.
El 9 de noviembre, dos soldados españoles murieron en un atentado suicida contra las tropas en Afganistán. Fueron los soldados Rubén Alonso Ríos y Juan Andrés Suárez. Con ellos, ascendían hasta 87 el número de efectivos fallecidos que se ha cobrado el conflicto afgano. El ministerio ordenó retirar el BMR para que los terroristas no lo exhibieran como trofeo. El estado del vehículo tras el atentado pudo comprobarse en las fotos que Libertad Digital publicó en exclusiva días después del atentado.
La imagen de la zona del atentado que hizo pública Defensa sembró dudas en internet, hasta que el ministerio, tras varios días de silencio, salió al paso de las especulaciones informando de que la aparición de personas duplicadas en la imagen se debía a un error en la utilización del programa fotográfico que se utilizó para destacar la zona exacta del atentado.