El Comando Vizcaya ha sido desarticulado en diez ocasiones

En noviembre de 1990 fue detenida Carmen Guisasola en Francia, después de haber sido supuestamente miembro del "comando Vizcaya" durante siete años, en los que se le vincula a una veintena de asesinatos. En enero de 1991, la Policía detuvo en Bilbao a Inmaculada Pacho y Fernando del Olmo, mientras que el resto del grupo no se vio afectado por la operación y en mayo se unió a ellos Javier Martínez Eizaguirre, "Javi de Usansolo".

Sin embargo, el 30 de agosto la Ertzaintza desmanteló la mayor parte de la infraestructura del "comando Vizcaya" después de un tiroteo en el barrio bilbaíno de Begoña, en el que murió el etarra Juan María Ormazábal, "Turko", y resultaron heridos el erztaina Alfonso Mentxaca (fallecido tres días después) y el terrorista José María Mendinueta, "Manu". En enero de 1992 la Guardia Civil golpeó de nuevo al comando al detener en Basauri a los "liberados" Juan Rojo González y Kepa Urra, pero "Gadafi" escapó una vez más. El comando volvió a quedar desmantelado tras la detención de "Javi de Usansolo" y la huida a Francia de "Gadafi", aunque ETA lo reconstruyó en 1993.

En noviembre de ese año, la Ertzaintza, nuevamente tras un tiroteo, desarticuló en Lujua el núcleo de "liberados" del comando. El etarra Angel Aranzabalbeitia murió en el enfrentamiento y Martín Carmona y Lourdes Churruca, herida leve, fueron detenidos. No obstante, José Miguel Bustinza, "Iván"; y Salvador Gaztelumendi llegaron a Vizcaya para reconstruir el comando en marzo de 1996 , a los que se unió Oscar Barreras, y al comenzar 1997, el "Vizcaya" estaba operativo otra vez.

Durante ese año se produjeron los asesinatos de tres policías y un guardia civil. Barreras fue detenido tras una de estas acciones y los otros "liberados" murieron en un enfrentamiento con la Guardia Civil en el centro de Bilbao el 24 de septiembre, en el que un agente resultó herido. En enero de 1998, el Ministerio del Interior consideró totalmente desarticulada la infraestructura del "comando Vizcaya", pero ETA sólo tardó unos meses en reconstruirla. No obstante, en junio y antes de que actuaran, la Ertzaintza sorprendió a los terroristas y se entabló un tiroteo, en el que murió la etarra Ignacia Ceberio. Los otros dos "liberados", Francisco Marqués Celaia e Iñaki Bilbao Gaueka, fueron detenidos.

La última actuación contra el "comando Vizcaya" antes de la registrada hoy se produjo el 3 de enero de 2000, cuando la Policía apresó en Basauri a Guillermo Merino y a Jon Urretabizkaia. El presunto jefe del comando, Francisco Rementería Barruetabeña, "Patxi", logró escapar. Las fuerzas de seguridad no hallaron pistas de "Patxi" ni del resto del comando hasta el 7 de agosto de 2000, cuando el propio Rementería y sus compañeros Ekain Ruiz Ibarguren, Zigor Aranbarri Garamendi y Urko Gerrikagoitia Agirre murieron en el barrio bilbaíno de Bolueta al explotar el coche cargado con veinticinco kilos de explosivo en el que circulaban.