Manifestó además que con esta restauración se ha querido "rescatar la imagen, muchas veces olvidada, de una ciudad que hace más de dos siglos ya ejercía como abanderada de la modernidad", cuyos paisajes y personajes aprovechó Goya para representar un milagro, el de San Antonio de Padua, situado en realidad en Lisboa.
Tras la presentación de la restauración de los frescos una sonata para violonchelo y bajo en do menor fue interpretada por dos músicos y una bailarina, recientemente descubierta entre unos manuscritos y atribuida a Boccherini.
La restauración, en la que también ha colaborado el Ministerio de Cultura a través del Instituto del Patrimonio Histórico Español, se ha llevado a cabo en virtud de un convenio suscrito en 1987 entre el Ayuntamiento, Patrimonio Nacional y la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, renovado en 2002 por otros 15 años.
La ermita, construida en 1792 junto al Río Manzanares y decorada seis años después por Goya, cuyos restos mortales fueron trasladados allí en 1919, presentaba entonces grietas, filtraciones de agua, desprendimientos y suciedad.
En una primera fase, concluida a finales de 1993, se abordó la restauración del 40 por ciento de los 188 metros cuadrados que ocupan en total los frescos, lo que excluyó, entre otras partes, la bóveda central del edificio, por respeto al deseo que Goya dejó escrito en una carta de que se arreglase "únicamente lo roto, sin extender más el pincel".
Sí se intervino en los frescos que presentaban los daños más urgentes: las bóvedas izquierda y derecha, los semilunetos junto a las ventanas, el arco de los pies de la iglesia y tres de las pechinas.
La segunda fase
La segunda fase se inició a finales de 2001 y duró alrededor de 20 meses en los que se trabajó en la restauración de la cúpula, en la que se centra el motivo principal representado por Goya: el milagro de San Antonio de Padua, en el que, para demostrar la inocencia de su padre, devuelve la vida a la persona de cuya muerte le acusaban.
Entonces, gracias a una aportación de Caja de Madrid, se colocó en lugar del andamio tradicional una plataforma elevadora que se bajaba los fines de semana para dejar libre de obstáculos la totalidad del conjunto, lo que no ha sido posible en la tercera fase, dada la presencia de la tumba del artista bajo el altar.
La fase que ahora ha terminado ha permitido restaurar el arco del altar, el ábside, la cuarta pechina y el grupo escultórico. Las pinturas de Goya en esta ermita, convertida en museo en 1928 después de construirse otra idéntica a pocos pasos para trasladar allí el culto, ya fueron restauradas en 1940 y sometidas a pequeñas intervenciones en 1955 y 1977.