Los hechos juzgados se remontan a entre 1994 y 1996, cuando desaparecieron de la biblioteca del Obispado de Zamora casi medio millar de libros de gran valor histórico, entre los que se encontraban una decena de incunables. Del total de libros desaparecidos sólo se han recuperado 207, entre ellos cinco incunables, gracias a la labor llevada a cabo por la Policía Nacional y anteriormente por el Obispado de Zamora y el sacerdote acusado, que se arrepintió de lo hecho e invirtió cerca de 15 millones de pesetas de su patrimonio personal para recuperar parte de las obras.
La defensa del sacerdote Manuel de las Heras reclamó su libre absolución al tener en cuenta como eximente completa la enajenación mental transitoria del acusado, lo que le impedía conocer la ilicitud de sus actos. Por su parte, el Obispado de Zamora, que está personado como acusación particular, pidió que se tuviese en cuenta como atenuantes la personalidad "débil e influenciable" del sacerdote acusado y su arrepentimiento espontáneo.
Sin embargo, el Abogado del Estado rechazó estas circunstancias atenuantes porque el sacerdote únicamente se arrepintió cuando el Obispado descubrió la falta de libros y porque conocía perfectamente la ilicitud de las acciones cometidas, por lo que solicitó para él ocho años de prisión e idéntica pena para el otro acusado. La Junta de Castilla y León, que también está personada como acusación particular, rechazó igualmente la atenuante de incapacidad psicológica del sacerdote acusado.