Las obras que afectan a esta fase de la integración discurren a lo largo de 2,8 kilómetros en el término municipal de Logroño.
El proyecto incluye la duplicación de la vía única actual de la línea de ancho convencional Castejón-Miranda desde la calle Vara de Rey hasta las proximidades del río Iregua y el soterramiento de la infraestructura entre la calle Vara de Rey y las inmediaciones de la calle Baltasar Gracián.
También incluye el edificio de la nueva estación ferroviaria de Logroño, el aparcamiento subterráneo de la misma y parte de los accesos, además de la urbanización de la zona situada sobre la infraestructura ferroviaria.
La financiación del proyecto corresponde a la Sociedad Logroño Integración del Ferrocarril 2002, participada en un 50% por Fomento, en un 25% por la Comunidad Autónoma de La Rioja y en otro 25% por el Ayuntamiento de Logroño.
La nueva estación de Logroño contará con cinco vías, una de ellas destinada al tráfico de mercancías, y dos andenes de 10 metros de anchura y 400 metros de longitud.
El edificio estará compuesto por un vestíbulo en superficie y una planta de andenes subterránea. En la planta baja alojará la zona de embarque, el acceso a los andenes, el vestíbulo y el área de información, la venta de billetes, los aseos y la zona comercial.
El proyecto permitirá la total accesibilidad a las personas con movilidad reducida. También se ha proyectado una utilización eficiente de la energía.