Uno de los indiscutibles aciertos del episcopado español en la época contemporánea ha sido la Instrucción Pastoral "Valoración moral del terrorismo, de sus causas y de sus consecuencias". Ese texto diluyó la sombra de la sospecha de la connivencia de la Iglesia, con mayúsculas, con el terrorismo de ETA y con los principios ideológicos que lo sustentan; si bien es cierto que el citado documento episcopal hizo más visible un proceso histórico de acompasamiento del nacionalismo en los ambientes eclesiales del País Vasco y, por extensión, de Cataluña. ¿Qué dijeron los obispos en noviembre de 2002 que convenga ahora recordar? Pues que "pretender unilateralmente alterar este ordenamiento jurídico en función de una determinada voluntad de poder, local o de cualquier otro tipo, es inadmisible. Es necesario respetar y tutelar el bien común de una sociedad pluricentenaria".
No debemos olvidar que la respuesta del entonces portavoz del Ejecutivo vasco, Josu Jon Imaz, fue la de criticar al cardenal Rouco recordándole, como si no lo supiera mejor que él, que "le debería preocupar que sus críticas al nuevo Estatuto político vasco contaran con la no aprobación de 13 obispos", glosando erróneamente las abstenciones y los votos negativos en el proceso de aprobación de la Instrucción pastoral sobre el terrorismo.
Tampoco debemos olvidar que, según podemos leer en las hemerotecas, a la vuelta de su estancia en Madrid el obispo de San Sebastián, Juan María Uriarte, emitió un comunicado a sus diocesanos, en el que afirmaba que "el texto del discurso inaugural, si bien se apoya en un documento aprobado hace un año por una notable mayoría del episcopado español, es de la exclusiva responsabilidad de su presidente (…)". El texto recordaba posteriormente que los criterios morales básicos sobre los que sus diocesanos deben orientar el juicio moral ante el Plan Ibarretxe son los expuestos en la pastoral de los obispos vascos, sin el arzobispo de Pamplona en esa ocasión, "Preparar la paz". Allí se afirma -conviene también refrescar las letras del pasado- que "si el valor superior de la paz postula que todos revisemos el propio modelo para aceptar otro construido entre todos y por todos es evidente que ninguno de esos tiene valor absoluto e intangible. Mientras respeten los derechos humanos y se implanten y mantengan dentro de sus cauces pacíficos y democráticos, la Iglesia no puede ni sancionarlos como exigencia ética ni excluirlos en nombre de ésta. En consecuencia, ni la aspiración soberanista, ni la adhesión a un mayor o menor autogobierno, ni la preferencia por una integración más o menos estrecha en el Estado español son, en principio, para la Iglesia "dogmas políticos" que requieran un asentimiento incondicionado. En este punto el pensamiento social cristiano afirma como un derecho cívico la libertad de sostener y promover por vías pacíficas cualquiera de estas opciones". Leídas estas frases con el discurrir de los tiempos, más de uno se preguntara si la legitimación eclesial del Plan Ibarretxe no se encuentra en el documento de los obispos vascos de mayo de 2002.